pymol - 在 Pymol 中获取所有二面角

Question

我想获得 Pymol 中蛋白质的所有二面角(phi、psi、chi1、chi2、chi3、chi4)，但我只能找到一个可以显示 phi 和 psi 的函数。

例如:

 PyMOL>phi_psi 1a11
 SER-2:    (   67.5,  172.8 )
 GLU-3:    (  -59.6,  -19.4 )
 LYS-4:    (  -66.4,  -61.7 )
 MET-5:    (  -64.1,  -17.9 )
 SER-6:    (  -78.3,  -33.7 )
 THR-7:    (  -84.0,  -18.1 )
 ALA-8:    (  -85.7,  -40.8 )
 ILE-9:    (  -75.1,  -30.8 )
 SER-10:   (  -77.6,  -47.0 )
 VAL-11:   (  -61.3,  -27.4 )
 LEU-12:   (  -60.7,  -47.5 )
 LEU-13:   (  -71.1,  -38.6 )
 ALA-14:   (  -46.2,  -50.7 )
 GLN-15:   (  -69.1,  -47.4 )
 ALA-16:   (  -41.9,  -52.6 )
 VAL-17:   (  -82.6,  -23.7 )
 PHE-18:   (  -53.4,  -63.4 )
 LEU-19:   (  -61.2,  -30.4 )
 LEU-20:   (  -61.1,  -32.3 )
 LEU-21:   (  -80.6,  -60.1 )
 THR-22:   (  -45.9,  -34.4 )
 SER-23:   (  -74.5,  -47.8 )
 GLN-24:   (  -83.5,   11.0 )

它缺少手性角。有谁知道如何得到所有的二面角？

非常感谢!

Answer 1

您可以使用 get_dihedral 获取任意二面角。创建四个选择，每个选择一个原子，然后像这样使用它:

get_dihedral s1, s2, s3, s4

它作为 cmd.get_dihedral() 暴露给 Python API。我建议编写一个 Python 脚本，该脚本使用此函数以及 cmd.iterate() 来遍历残基。创建一个字典，这样您就可以在每个残基上查找定义卡角的原子四元组列表。