r - Error R csv : Error in read. table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote, : 'file' 必须是字符串或连接

Question

我正在为 MiRLAB 包的 R 教程苦苦挣扎，尽管我不确定问题是否与包的功能有关。

我想使用函数 Pearson()，它只接受 .csv 文件。我已经完美地加载了一个文件，但是当我尝试使用 Pearson() 函数时(MI、IDA 和 Lasso 也是如此)，出现了这个错误消息:

Error in read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote, : 'file' must be a character string or connection

dataset=read.csv("ArabPrueba1.csv", sep = ";")
cause= 3:23
effect= 24:44
pearson=Pearson(dataset,cause,effect)

关于如何更改文件或命令行以使其被函数识别的任何想法？可能是 csv 文件或其他文件有问题？在本教程的示例中，文件直接从包中获取，因此不涉及这种方法。

提前致谢

Answer 1

我终于解决了这个问题，即使它看起来不是一个干净的解决方案，但它确实有效。我想问题是当我将它们带到控制台时，一些额外的“”被添加到原始文件中，所以我重写了文件并将最近创建的文件重新添加到控制台。

RNA <- read.table("RNA.csv", dec = ",", sep = ";", stringsAsFactors = FALSE, header = TRUE, blank.lines.skip = TRUE)
tRNA <- t(RNA)
write.table(tRNA, file = "tRNA_2.csv", quote = FALSE, dec = ".", sep = ",", qmethod = "escape")
tRNAt <- read.csv("tRNA_2.csv")

miRNA <- read.table("miRNA.csv", dec = ",", sep = ";", stringsAsFactors = FALSE, header = TRUE, blank.lines.skip = TRUE)
tmiRNA <- t(miRNA)
write.table(tmiRNA, file = "tmiRNAt.csv", quote = FALSE, dec = ".", sep = ",", qmethod = "escape")
tmiRNAt <- read.csv("tmiRNAt.csv")

dataset <- cbind2(x=tmiRNAt, y = tRNAt)
write.table(dataset, file = "dataset_2.csv", quote = FALSE, dec = ".", sep = ",", qmethod = "escape")

# MiRLAB:
library(miRLAB)
cause = 1:278
effect = 279:length(dataset)
ps = Pearson("dataset_2.csv", cause = cause, effect = effect)

我知道写和读这么多次不是一个好主意，但实际上这是它工作得更好的方式(完全有效)。

感谢您的帮助!