r - 错误 : Too few points to calculate an ellipse with 3 points?-R

Question

你好。我正在策划 pca与 factoextra包裹。我对每个因素有 3 分，并想在每个因素周围画椭圆。但我收到错误 Too few points to calculate an ellipse .

可以在 ggplot2 中围绕 3 个点绘制椭圆与 stat_ellipse功能。我可以通过查看 calculate_ellipse 来确认这一点code来自 ggplot2那说else if (dfd < 3) {message("Too few points to calculate an ellipse") .那么椭圆函数是什么factoextra在 fviz_pca_ind 中使用它认为 3 分太少？有没有办法强制它添加省略号？该软件包具有我需要的特定功能，因此我想坚持使用它。谢谢。

library(factoextra)

data(iris)

iris2<-iris[c(1:3,51:53,101:103),] # 3 points for each factor

res.pca <- prcomp(iris2[, -5],  scale = TRUE)

fviz_pca_ind(res.pca, label='none',alpha.ind = 1,
             habillage=iris2$Species,
             repel = TRUE, 
             addEllipses = TRUE,invisible='quali')+
  theme(legend.position = 'bottom')+
  coord_equal()

#Too few points to calculate an ellipse
#Too few points to calculate an ellipse
#Too few points to calculate an ellipse

Answer 1

我遇到了同样的问题。解决方案是使用 ggforce 中的 geom_mark_ellipse包裹。可以围绕 3 个点(甚至围绕 1 个点)创建一个椭圆。

因此，工作流程应该如下:

library(factoextra)
library(ggforce)

data(iris)

iris2<-iris[c(1:3,51:53,101:103),] # 3 points for each factor

res.pca <- prcomp(iris2[, -5],  scale = TRUE)

fviz_pca_ind(res.pca, label='none',alpha.ind = 1,
             habillage=iris2$Species,
             repel = TRUE, 
             # Don't use default Ellipses!!!!
             # addEllipses = TRUE,
             invisible='quali') +
  # ADD ggforce's ellipses
  ggforce::geom_mark_ellipse(aes(fill = Groups,
                        color = Groups)) +
  theme(legend.position = 'bottom') +
  coord_equal()