python - 如何将 DICOM 文件的 header 数据存储在 Pandas 数据框中？

Question

我正在尝试在 Python 中使用 pydicom 读取 DICOM 文件，并希望将 header 数据存储到 pandas 数据框中。我如何为此目的提取数据元素值？

到目前为止，我已经创建了一个数据框，其中列作为 DICOM 文件中的标签名称。我已经访问了数据元素，但我只需要存储数据元素的值而不是整个序列。为此，我将序列转换为字符串并尝试拆分它。但它也不会起作用，因为不同标签的长度不同。

refDs = dicom.dcmread('000000.dcm')
    info_header = refDs.dir()

    df = pd.DataFrame(columns = info_header)
    print(df)

    info_data = []
    for i in info_header:
        if (i in refDs):
            info_data.append(str(refDs.data_element(i)).split(" ")[0])

    print (info_data[0],len(info_data))

我已将数据元素序列元素放入列表中，因为我无法将其直接放入数据框中。上面代码的输出是

(0008, 0050) Accession Number                    SH: '1091888302507299' 89

但我只想将数据存储在引号内。

Answer 1

这对我有用:

import pydicom as dicom
import pandas as pd

ds = dicom.read_file('path_to_file')
df = pd.DataFrame(ds.values())
df[0] = df[0].apply(lambda x: dicom.dataelem.DataElement_from_raw(x) if isinstance(x, dicom.dataelem.RawDataElement) else x)
df['name'] = df[0].apply(lambda x: x.name)
df['value'] = df[0].apply(lambda x: x.value)
df = df[['name', 'value']]

最终，您可以转置它:

df = df.set_index('name').T.reset_index(drop=True)

如果您也需要嵌套字段，则需要做更多的工作。