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download - Snakemake - 下载数据的规则

转载 作者:行者123 更新时间:2023-12-05 02:58:26 25 4
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我在实现管道时遇到了一些麻烦,其中第一步是从某个服务器下载数据。据我了解,所有规则都必须有文件输入。但是,在我的例子中,“输入”是提供给访问服务器并下载数据的脚本的 ID 字符串。
我知道 remote files snakemake 中的选项,但我从(ENA)下载的服务器不在该列表中。此外,我正在使用调用 aspera 的脚本以提高下载速度。
关于如何在 snakemake 中实现这种场景的任何想法?

最佳答案

规则实际上不需要输入字段,所以这样的事情是可能的:

rule download:
output:
"downloads/{sample}.fa"
shell:
"ascp ftp:/url_here+{wildcards.sample}"

关于download - Snakemake - 下载数据的规则,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/59053035/

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