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我正在尝试使用 R 和包 cmprsk
为竞争风险定制一个图。具体来说,我想覆盖针对竞争事件使用颜色和针对不同组使用线型的默认设置。
这是我的可重现示例:
library(ggplot2)
library(cmprsk)
library(survminer)
# some simulated data to get started
comp.risk.data <- data.frame("tfs.days" = rweibull(n = 100, shape = 1, scale = 1)*100,
"status.tfs" = c(sample(c(0,1,1,1,1,2), size=50, replace=T)),
"Typing" = sample(c("A","B","C","D"), size=50, replace=T))
# fitting a competing risks model
CR <- cuminc(ftime = comp.risk.data$tfs.days,
fstatus = comp.risk.data$status.tfs,
cencode = 0,
group = comp.risk.data$Typing)
# the default plot makes it impossible to identify the groups
ggcompetingrisks(fit = CR, multiple_panels = F, xlab = "Days", ylab = "Cumulative incidence of event",title = "Competing Risks Analysis")+
scale_color_manual(name="", values=c("blue","red"), labels=c("Tumor", "Death without tumor"))
使用 ggplot_build()
我设法更改了关于线型和颜色的默认值,但我找不到添加图例的方法。
p2 <- ggcompetingrisks(fit = CR, multiple_panels = FALSE, xlab = "Days", ylab = "Cumulative incidence of event",title = "Death by TCR", ylim = c(0, 1)) +
scale_color_manual(name="", values=c("blue","red"), labels=c("Tumor", "Death without tumor"))
q <- ggplot_build(p2)
q$data[[1]]$colour2 <- ifelse(q$data[[1]]$linetype=="solid","blue", ifelse(q$data[[1]]$linetype==22,"red", ifelse(q$data[[1]]$linetype==42,"green", ifelse(q$data[[1]]$linetype==44,"black", NA))))
q$data[[1]]$linetype <- ifelse(q$data[[1]]$colour=="blue","solid", ifelse(q$data[[1]]$colour=="red","dashed", NA))
q$data[[1]]$colour <- q$data[[1]]$colour2
q$plot <- q$plot + ggtitle("Competing Risks Analysis") + guides(col = guide_legend()) + theme(legend.position = "right")
p2 <- ggplot_gtable(q)
plot(p2)
有谁知道如何将图例添加到 ggplot_build()
操纵的绘图中?还是另一种绘制竞争风险的方法,例如颜色指示组和线型指示事件?
最佳答案
你不需要走 ggplot_build
路线。函数 ggcompetingrisks
返回一个 ggplot 对象,它本身包含美学映射。你可以用 aes
覆盖它们:
p <- ggcompetingrisks(fit = CR,
multiple_panels = F,
xlab = "Days",
ylab = "Cumulative incidence of event",
title = "Competing Risks Analysis")
p$mapping <- aes(x = time, y = est, colour = group, linetype = event)
现在我们已经颠倒了线型和颜色美学映射,我们只需要交换图例标签就可以了:
p + labs(linetype = "event", colour = "group")
请注意,您还可以像任何其他 ggplot 对象一样向 p
添加色标、主题、坐标变换。
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