r - 表格包括使用 ANOVA 的 3+ 组的组间 p 值比较

Question

首先 - 喜欢 gtsummary!它彻底改变了我为所有论文做统计的方式，让我完全投入到 R 中。

想知道是否有办法使用方差分析和 gtsummary 进行组间比较？

举个例子: enter image description here

我们这里有 3 个组和 5 个特征。我可以使用 tbl_summary 和 add_p 生成这个表。这给了我每个特征的组差异的总体 p 值，但我需要手动进入并添加那些表示组差异显着的符号(*、† 和 ‡)(第 1 组与第 2 组；第 1 组与第 3 组等。 ..).

我必须为此使用 SPSS，为此我使用以下 SPSS 代码通过事后 Bonferroni 校正进行方差分析。

ONEWAY A B C D E BY group_factor
  /STATISTICS DESCRIPTIVES
  /MISSING ANALYSIS
  /POSTHOC=BONFERRONI ALPHA(0.05).

此处 SPSS 的输出基本上是一个表格，在比较第 1 组与第 2 组、第 2 组与第 3 组等时为每个特征生成 P 值...

然后我必须手动读取重要的组间结果，然后将指示符添加到原始 gtsummary 表。

有没有办法将其自动化或合并到 gtsummary 中？它将为我节省数小时的繁琐手动工作!

Answer 1

gtsummary 表是高度可定制的，您可以添加这些脚注。我在下面提供了一个示例，其中对成对比较进行了目视检查并手动添加了脚注。但是您可以将其包装在一个函数中并以编程方式应用脚注。

library(gtsummary)
library(tidyverse)
packageVersion("gtsummary")
#> [1] '1.5.0'
theme_gtsummary_mean_sd()

# build table with one-way ANOVA results
tbl1 <- 
  trial %>%
  select(marker, grade) %>%
  tbl_summary(by = grade, missing = "no") %>%
  add_p()

# calculate pairwise comparison p-values
pairwise.t.test(trial[["marker"]], trial[["grade"]], p.adj = "none")
#> 
#>  Pairwise comparisons using t tests with pooled SD 
#> 
#> data:  trial[["marker"]] and trial[["grade"]] 
#> 
#>     I    II  
#> II  0.01 -   
#> III 0.64 0.04
#> 
#> P value adjustment method: none

# add footnotes for sig comparisons
tbl2 <-
  tbl1 %>%
  modify_table_styling(
    column = stat_1,
    rows = variable == "marker",
    footnote = "Mean significantly different from Grade II"
  ) %>%
  modify_table_styling(
    column = stat_2,
    rows = variable == "marker",
    footnote = "Mean significantly different from Grade III"
  ) %>%
  modify_table_styling(
    column = stat_3,
    rows = variable == "marker",
    footnote = "Mean significantly different from Grade II"
  )

^{由 reprex package 创建于 2021-11-04 (v2.0.1)}