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snakemake - 如何忽略 Snakemake 的 "params have changed since last execution"?

转载 作者:行者123 更新时间:2023-12-05 02:28:49 28 4
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由于 conda 环境未处于事件状态,工作流的一些非常晚的作业崩溃了。

现在,当我尝试使用 snakemake deploy_all --ignore-incomplete 重新运行时,所有作业都直接从头重新运行,原因如下:

Reason: Params have changed since last execution

如何让 snakemake 不重新运行所有规则,并接受已经存在的任何输入?

behaviour change似乎是从 7.8.0 版本开始的新内容。

最佳答案

重新运行行为似乎在 v7.8.0 中发生了变化,请参阅此公告:https://github.com/snakemake/snakemake/issues/1694

要恢复旧行为,需要追加

--rerun-triggers mtime

--touch 有时可能有效,但有时无效。

当我运行 --touch 时,重新运行的原因更改为

reason: Code has changed since last execution

关于snakemake - 如何忽略 Snakemake 的 "params have changed since last execution"?,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/72508225/

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