r - 代码以交互方式工作，但在编织时不工作

Question

我有一个 RMarkdown 文档，里面有一些 R 代码。当我在控制台中以交互方式运行代码时，代码工作正常。但是，当我尝试编织文档时(使用 RStudio 中的“编织”按钮)，R 会抛出一些找不到某些对象的错误消息。

Answer 1

编译文档时(使用 RStudio 中的“编织”按钮)，knitting takes place in a separate R session .因此，您的文档必须独立:

1. 编织时，您的交互式 session 的全局环境中的对象不可用。您必须从文档中创建/加载所有对象。
2. 您必须加载文档中使用的所有包。

另请注意，在编织时，您的工作目录会更改为包含您的文档的目录(默认情况下)。因此，相对路径(例如，您要读取的数据集的路径)可能不会指向预期的文件。