r - PCA分析去除质心

Question

我正在使用 fviz_pca_ind 制作 PCA 图，如下所示。

 fviz_pca_ind(res.pca,  geom="point",  pointsize = 1, habillage=iris$Species, addEllipses=TRUE, ellipse.level=0.95
             , palette = c("green", "orange", "grey")) 

我想移除质心，但保留使用 habillage=iris$Species 获得的不同颜色和椭圆。

col.ind 需要一个向量，其元素数等于行数。

Answer 1

这是一种删除质心的方法:

library(factoextra)
data(iris)
res.pca <- prcomp(iris[, -5],  scale = TRUE)
fviz(res.pca, element="ind", geom="point",  pointsize = 1, 
              habillage=iris$Species, addEllipses=TRUE, ellipse.level=0.95, 
              palette = c("green", "orange", "grey"), invisible="quali")