r - 将级别绘制为系列

Question

我有一个看起来像这样的数据集:

id      factor  H1  H2  H3  H4  H5  H6
434543  lev3    0.8 0.7 0.7 0.5 0.6 0.8
434544  lev2    0.5 0.7 0.9 0.7 0.7 0.1
434545  lev3    0.7 0.7 0.8 0.5 0.7 0.7
434546  lev2    0.4 0.6 0.5 0.8 0.7 0.2
434547  lev3    0.6 0.7 0.8 0.8 0.8 0.7
434548  lev2    0.7 0.7 0.6 0.7 0.8 0.4
434549  lev2    0.8 0.8 0.8 0.7 0.6 0.5
434550  lev1    0.3 0.3 0.4 0.3 0.4 0.5
434551  lev1    0.0 0.3 0.4 0.3 0.2 0.4
434552  lev3    0.6 0.8 0.8 0.8 0.6 0.7
434553  lev2    0.6 0.8 0.5 0.2 0.5 0.8

我想在每个时间点(H1...H6)绘制一个水平的均值和标准差，但通过均值绘制一条连续线，而不是条形图。什么是最好的方法来做到这一点？

Answer 1

这是使用出色的 ggplot2 实现的一种方法包裹。

require(ggplot2)
require(reshape)

# Load data
data = read.table('data.txt', header=T)

# Format data
data = melt(data, id.vars=c('id', 'factor'), variable_name='time')
data$time = as.numeric(gsub('H(.+)', '\\1', data$time))

# Function to summarize y at each x
getband <- function(y.in){
  ymax = mean(y.in) + sd(y.in)
  ymin = mean(y.in) - sd(y.in)
  data.frame(ymax, ymin)
}

# Plot
dev.new(width=5, height=4)
qplot(time, value, group=factor, geom='point', color=factor, fill=factor, data=data) + 
  stat_summary(color=0, fun.data=getband, geom='ribbon', alpha=0.2) +
  stat_summary(fun.y=mean, geom='line')