python - Snakemake 将多个命令行集成在一个规则中

Question

我的第一个命令行 "bcftools query -l {input.invcf} | head -n 1" 的输出打印了 vcf 文件的第一个个体的名称(即 IND1)。我想在 -sn IND1 选项的 selectvariants GATK 中使用该输出。如何在 snakemake 中集成第一条命令行以便在下一条中使用它的输出？

rule selectvar:
    input:
        invcf="{family}_my.vcf"
    params:
        ind= ???
        ref="ref.fasta"
    output:
        out="{family}.dn.vcf"
    shell:
        """
        bcftools query -l {input.invcf} | head -n 1 > {params.ind}
        gatk --java-options "-Xms2G -Xmx2g -XX:ParallelGCThreads=2" SelectVariants -R {params.ref} -V {input.invcf} -sn {params.ind} -O {output.out}
        """

Answer 1

有多种选择，但最简单的一种是将结果存储到临时 bash 变量中:

rule selectvar:
   ...
   shell:
        """
        myparam=$(bcftools query -l {input.invcf} | head -n 1)
        gatk -sn "$myparam" ...
        """

如@dariober 所述，如果修改pipefail 行为，可能会出现意外结果，请参阅the example in this answer .