依赖 Shiny 的 R 包给出 RJSONIO 警告

Question

我的包 CTDesignExplorer 使用 shiny(和 shinyIncubator)。当我包括
依赖: Shiny
在 DESCRIPTION 文件中，在 RStudio 中加载包时会出现警告:

Warning in .simpleDuplicateClass(def, prev) : the specification for S3 class “AsIs” in package ‘RJSONIO’ seems equivalent to one from >package ‘BiocGenerics’ and is not turning on duplicate class definitions for this class

在命令行 R 中，加载 shiny 会得到多个警告；除了“AsIs”，还有“connect”、“file”、“pipe”和“textConnection”。
在 https://github.com/joey711/phyloseq/issues/128 ，这个问题应该在 6 个月前就解决了，但在这里，即使在 update.packages("RJSONIO") 之后。版本为1.0-3，从2013-03-27开始。
在 https://stat.ethz.ch/pipermail/bioc-devel/2013-March/004177.html ，建议是从 NAMESPACE 中删除 RJSONIO。但它不在我的包裹中(或在描述中)。在 shiny 中，它在 DESCRIPTION 中的 Imports 下。

这可能对代码执行没有影响，但很难确定。无论如何，我的用户肯定很难看。

Answer 1

我认为在您的包中将 Shiny 从 Depends 切换为 Imports 可能会有所帮助。并且，如有必要，在您的 NAMESPACE 文件中使用 importFrom 来导入特定的 Shiny 函数，而不是引入所有 Shiny。

http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-exts.html#Specifying-imports-and-exports