perl - 如何在具有不同标题的文件中搜索字符串？

Question

我正在使用 perl 在不同标题下列出不同序列的文件中搜索特定字符串。当存在一个序列(即一个标题)但我无法推断它时，我能够编写脚本。假设我需要在给定文件中搜索一些字符串“FSFSD”然后例如:无法搜索文件是否包含以下内容:

Polons
CACAGTGCTACGATCGATCGATDDASD
HCAYCHAYCHAYCAYCSDHADASDSADASD
Seliems
FJDSKLFJSLKFJKASFJLAKJDSADAK
DASDNJASDKJASDJDSDJHAJDASDASDASDSAD
Teerag
DFAKJASKDJASKDJADJLLKJ
SADSKADJALKDJSKJDLJKLK

当文件只有一个标题时可以搜索，即:

Terrans
FDKFJSKFJKSAFJALKFJLLJ
DKDJKASJDKSADJALKJLJKL
DJKSAFDHAKJFHAFHFJHAJJ

我需要将结果输出为“在标题 abc 下找到的字符串 xyz”

我使用的代码是:

print "Input the file name \n";
$protein= <STDIN>;
chomp $protein;
unless (open (protein, $protein))
{
print "cant open file \n\n";
exit;
}
@prot= <protein>;
close protein;
$newprotein=join("",@prot);
$protein=~s/\s//g;
do{
print "enter the motif to be searched \n";
$motif= <STDIN>;
chomp $motif;
if ($protein =~ /motif/)
{
print "found motif \n\n";
}
else{
print "not found \n\n";
}
}
until ($motif=~/^\s*$/);
exit;

Answer 1

看到你的代码，不回答你的问题，我想提几点建议:

1. 总是，总是，总是 使用严格；。为了热爱您可能(或可能不)相信的更高权力，use strict;。
2. 每次使用strict;时，你都应该使用warnings;。
3. 另外，认真考虑使用一些缩进。
4. 另外，考虑为不同的变量使用明显不同的名称。
5. 最后，你的风格真的很不一致。这是你所有的代码还是你把它们拼凑在一起的？不是想侮辱你或其他任何东西，但我建议不要复制你不理解的代码 - 至少在你复制它之前尝试。

现在，您的代码的可读性更高的版本如下所示:

use strict;
use warnings;

print "Input the file name:\n";
my $filename = <STDIN>;
chomp $filename;
open FILE, "<", $filename or die "Can't open file\n\n";
my $newprotein = join "", <FILE>;
close FILE;
$newprotein =~ s/\s//g;
while(1) {
  print "enter the motif to be searched:\n";
  my $motif = <STDIN>;
  last if $motif =~ /^\s*$/;
  chomp $motif;
  # here I might even use the ternary ?: operator, but whatever
  if ($newprotein =~ /$motif/) {
    print "found motif\n\n";
  }
  else {
    print "not found\n\n";
  }
}