r - 使用 sourceCpp() 的 Rcpp 和 RcppArmadillo 在 R 中出错

Question

我是 C++ 的新手，但花了很多时间使用 R。我正在尝试使用 RcppArmadillo，其中 .cpp 文件是使用 sourceCpp 函数获取的。我的示例代码来自

http://lists.r-forge.r-project.org/pipermail/rcpp-devel/2013-June/006150.html

并显示如下:

#include <RcppArmadillo.h>
using namespace Rcpp ;
// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]

// [[Rcpp::export]]
arma::colvec rowSumsRcppArmadillo(NumericMatrix x){
  arma::mat X = arma::mat(x.begin(), x.nrow(), x.ncol(), false);
  return arma::sum(X, 1);
}

我安装了 Rcpp 和 RcppArmadillo 包，并成功地使用 Rcpp(没有 RcppArmadillo)集成了 C++ 函数。但是，对于 RcppArmadillo，我收到以下错误:

> sourceCpp("rowSums.cpp")
ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/lib/gcc/i686-apple-    darwin8/4.2.3/x86_64'
ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/lib/x86_64'
ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/lib/gcc/i686-apple-darwin8/4.2.3'
ld: library not found for -lgfortran
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)
make: *** [sourceCpp_76327.so] Error 1

...

Error in sourceCpp("rowSums.cpp") : 
Error 1 occurred building shared library.

有什么想法吗？谢谢。

Answer 1

查看错误:ld: library not found for -lgfortran

您需要安装 Fortran 库，因为 RcppArmadillo 在 src/Makevars 中有这个:

PKG_LIBS=`$(R_HOME)/bin/Rscript -e "Rcpp:::LdFlags()"` \
          $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS)

您可以通过 R 获得 Lapack 和 Blas，但需要 Fortran 库。有关从哪里获得它的信息，请参阅 R 的 OS X 文档；我相信这个地方是Simon's page at AT&T但我自己不是 OS X 用户。如果有疑问，请在 r-sig-mac 上询问，那里还有许多关于升级到 OS X 10.9 时发生的各种损坏的讨论线程。