r - 关于 community.to.membership 功能

Question

library(igraph)
g=graph.famous("Zachary")
c=walktrap.community(g)
a=community.to.membership(g,c$merges,steps=2)
b=a$membership
modularity(g,b)

运行modularity(g,b)函数时，R没有响应。为什么？

Answer 1

这是 igraph 中的错误。 community.to.membership 函数返回一个从零开始的成员向量，modularity 需要一个从 1 开始的成员向量。

community.to.membership 函数实际上已被弃用，应改用 cutat 函数:

library(igraph)
set.seed(42)
g <- graph.famous("Zachary")
c <- walktrap.community(g)
b <- cutat(c, steps=2)
modularity(g, b)
# [1] -0.02621631

顺便说一句。您的示例不可重现，因为 walktrap.community 不是确定性的并且您没有设置随机种子。

顺便说一句 2。 igraph 版本 0.6-1 和 0.6-3(以及 0.6-x)之间没有真正的区别，破折号后的数字只是内部版本号。由于技术原因重新构建了软件包，版本 0.6-3 包含与 0.6-1 相同的代码。