parallel-processing - 如何在多台计算机上使用 GNU 并行

Question

我想在我的两台计算机上使用 GNU 并行。我成功地在一台计算机上并行运行，但无法在远程计算机上并行运行。

版本:本地:parallel-20140222，远程:parallel-20130522。我启用了无密码 ssh 登录。

parallel -j+0 --eta 'muscle -in {} -out {.}.aln -quiet' < list

但是当我尝试使用以下命令在远程计算机上“并行”运行时，

1) time parallel -j+0 --eta -Svaramesh@10.117.173.5,: -transfer, --return {.}.aln --cleanup 'muscle -in {} -out {.}.aln -quiet' < list

2) time parallel -j+0 --eta -S10.117.173.5,: -transfer, --return {.}.aln --cleanup 'muscle -in {} -out {.}.aln -quiet' < list

3) time parallel -j+0 --eta -S :,10.117.10.5 -transfer, --return {.}.aln --cleanup 'muscle -in {} -out {.}.aln -quiet' < list

他们都给出了以下错误

parallel: Error: Cannot open input file `nsfer,': No such file or directory.

Answer 1

Transfer 有双破折号，没有逗号:--transfer
您可能想使用 --transfer --return --cleanup 的简写:--trc {.}.aln
并且由于您没有特殊的 shell 字符，因此您不需要 '附近muscle -in {} -out {.}.aln -quiet .

如果您喜欢 --eta您可能想尝试一下 --bar也。