r - 在 for 循环中在 mac 上设置多个内核

Question

我暂时使用带有 R 的 Mac (M1)，但它只运行一个内核。我正在编辑我的问题以包含一个可重现的示例。我想使用多核运行大数据函数。

这是可重现的例子:

library(eulerr)
library(microbiome)
#devtools::install_github('microsud/microbiomeutilities')
library(microbiomeutilities)

data("zackular2014")
pseq <- zackular2014

table(meta(pseq)$DiseaseState, useNA = "always")
pseq.rel <- microbiome::transform(pseq, "compositional")
Make a list of DiseaseStates.

disease_states <- unique(as.character(meta(pseq.rel)$DiseaseState))
print(disease_states)

list_core <- c() # an empty object to store information

for (n in disease_states){ # for each variable n in DiseaseState
    #print(paste0("Identifying Core Taxa for ", n))
    
    ps.sub <- subset_samples(pseq.rel, DiseaseState == n) # Choose sample from DiseaseState by n
    
    core_m <- core_members(ps.sub, # ps.sub is phyloseq selected with only samples from g 
                           detection = 0.001, # 0.001 in atleast 90% samples 
                           prevalence = 0.75)
    print(paste0("No. of core taxa in ", n, " : ", length(core_m))) # print core taxa identified in each DiseaseState.
    list_core[[n]] <- core_m

mycols <- c(nonCRC="#d6e2e9", CRC="#cbf3f0", H="#fcf5c7") 
plot(venn(list_core),
     fills = mycols)

我想使用多核运行第一个for循环，但我不知道如何编写包括mclapply的函数？谢谢

Answer 1

答案:不。不可能神奇地让 R 到处并行运行。

要并行运行代码，您必须自己使用一些并行处理框架来编排并行化，参见。 https://cran.r-project.org/web/views/HighPerformanceComputing.html .

一些包提供可以并行运行的功能。对于它们中的许多人来说，并行化可以通过参数来控制，有些可以通过 R 选项或其他设置来控制。您需要阅读这些函数的文档以了解具体方法。