homebrew - 导入 PyMC 失败(从 conda.binstar 安装后未加载 gfortran 库)

Question

我正在运行 Python 2.7.8::Anaconda 2.0.1 (x86_64) 和 conda 3.5.5
在 Mac OS 10.9.4 (Maverick) 上

我通过运行安装了 PyMC
conda install -c https://conda.binstar.org/pymc pymc
但是，import pymc给出了一个错误(我在最后复制了 Traceback)。

Edit1:从阅读这个问题 "cannot import name flib" ，在我看来，问题在于通过使用 anaconda 安装 PyMC，它是针对不同的 gfortran 构建的，而不是 brew install gcc 提供的 gfortran。 .我很乐意卸载并重试，但我希望在我把事情搞砸之前，有人会给我提供指导!

Edit2: Traceback 告诉我 //anaconda/lib/python2.7/site-packages/pymc/flib.so正在尝试调用 /usr/local/Cellar/gfortran/4.8.2/gfortran/lib/libgfortran.3.dylib ，这是不存在的。我认为直到最近 homebrew自己安装了 gfortran，因此在 /usr/local/Cellar 中有一个文件夹.然而，现在 gfortran在 /usr/local/Cellar/gcc/4.8.3_1/bin当它由 brew install gcc 安装时.帮助!

(在旁边:
由于该错误表明我从 brew 安装的 gfortran 编译器存在问题。 ，让我给你一些细节，虽然可能不相关。

我安装了gfortran通过调用 brew
brew install gcc
它抛出了一些错误，并建议我链接 gmp、mpfr、libmpc、isl 和 cloog。因此我做到了
brew link gmp (和mpfr等)

以防万一，which gfortran给
/usr/local/bin/gfortran
这是 import pymc 的回溯:

In [1]: import pymc
---------------------------------------------------------------------------
ImportError                               Traceback (most recent call last)
<ipython-input-1-5f262cfcb99b> in <module>()
----> 1 import pymc

//anaconda/lib/python2.7/site-packages/pymc/__init__.pyc in <module>()
     28 from .PyMCObjects import *
     29 from .InstantiationDecorators import *
---> 30 from .CommonDeterministics import *
     31 from .NumpyDeterministics import *
     32 from .distributions import *

//anaconda/lib/python2.7/site-packages/pymc/CommonDeterministics.py in <module>()
     19 import inspect
     20 import types
---> 21 from .utils import safe_len, stukel_logit, stukel_invlogit, logit, invlogit, value, find_element
     22 from copy import copy
     23 import sys

//anaconda/lib/python2.7/site-packages/pymc/utils.py in <module>()
     12 from copy import copy
     13 from .PyMCObjects import Variable
---> 14 from . import flib
     15 import pdb
     16 from numpy.linalg.linalg import LinAlgError

ImportError: dlopen(//anaconda/lib/python2.7/site-packages/pymc/flib.so, 2): Library not loaded: /usr/local/Cellar/gfortran/4.8.2/gfortran/lib/libgfortran.3.dylib
  Referenced from: //anaconda/lib/python2.7/site-packages/pymc/flib.so
  Reason: image not found

Answer 1

这远不是一个完整的答案，但以下是有效的，至少对于 gfortran从 brew install gcc 安装的编译器.它可能与不同的编译器一起使用，甚至根本没有编译器，因此请尝试以这种方式安装它:
conda install -c https://conda.binstar.org/tobeplugged pymc
另外，请查看 PyMC 开发者 Github 页面 in issue 556 中的更新。