python - 如何在 Python 中更改 SimpleITK 图像的方向

Question

我使用了 this code将一系列dicom图像读入python

series_IDs = sitk.ImageSeriesReader.GetGDCMSeriesIDs(data_directory)
series_file_names = sitk.ImageSeriesReader.GetGDCMSeriesFileNames(data_directory, series_IDs[0])
series_reader = sitk.ImageSeriesReader()
series_reader.SetFileNames(series_file_names)
series_reader.LoadPrivateTagsOn()
image3D=series_reader.Execute()
size = image3D.GetSize()

目前，它的方向如下:

我需要将方向更改为以下方向:

python中有没有可以改变SimpleITK图像方向的命令？

Answer 1

扩展您的代码以执行此操作我会考虑从您加载的图像中构建一个新图像，然后为其添加自定义方向。或者，ITK 在可用的 python 包装中有一个 orientimage 过滤器。这不是 simpleitk 但可能会解决您的问题

import SimpleITK as sitk

series_IDs = sitk.ImageSeriesReader.GetGDCMSeriesIDs(data_directory)
series_file_names = sitk.ImageSeriesReader.GetGDCMSeriesFileNames(data_directory, series_IDs[0])
series_reader = sitk.ImageSeriesReader()
series_reader.SetFileNames(series_file_names)
series_reader.LoadPrivateTagsOn()
image3D=series_reader.Execute()
size = image3D.GetSize()

#get image data
image_out = sitk.GetImageFromArray(sitk.GetArrayFromImage(img))

#setup other image characteristics
image_out.SetOrigin(img.GetOrigin())
image_out.SetSpacing(img.GetSpacing())
#set to RAI
image_out.SetDirection(tuple(1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0))
sitk.WriteImage(image_out, 'test.mha')