r - 如何将列表中的每个元素与其他元素进行比较，并将结果作为 R 中的成对比较矩阵输出？

Question

我正在尝试自动化计算 Jaccard 相似性指数的过程，以便为最近一项植被研究中调查的每一对可能的地点。

下面是我的数据格式的虚拟列表，其中 x、y 和 z 是离散的调查站点，以及函数 jaccard()。

x <- c("sp1","sp2","sp3")
y <- c("sp2","sp3","sp4")
z <- c("sp3","sp4","sp5")
dummy_list <- list(x,y,z)

jaccard <- function(a, b) {
intersection = length(intersect(a, b))
union = length(a) + length(b) - intersection
return (intersection/union) }

我想将每个成对比较 (x-y, x-z, y-z) 传递给 jaccard() 并输出计算出的 Jaccard 指数矩阵。我怎样才能做到这一点？

Answer 1

我们可以先Vectorize你的jaccard函数，然后使用outer:

x <- c("sp1","sp2","sp3")
y <- c("sp2","sp3","sp4")
z <- c("sp3","sp4","sp5")

dummy_list <- setNames(list(x, y, z), c("x","y","z"))

jaccard <- function(a, b) {
  intersection = length(intersect(a, b))
  union = length(a) + length(b) - intersection
  return (intersection/union)
}

vjaccard <- Vectorize(jaccard)

outer(dummy_list, dummy_list, FUN = "vjaccard")
#>     x   y   z
#> x 1.0 0.5 0.2
#> y 0.5 1.0 0.5
#> z 0.2 0.5 1.0

^{由 reprex package 于 2022-03-02 创建(v2.0.1)}