r - Rstudio 中的未知图形设备错误

Question

我想保存 10 个不同的 ggplots使用不同的参数进行光盘，但出现错误:

Error: Unknown graphics device ''

这是我的代码:

for (geneNum in 1:10) {
  geneCounts <- plotCounts(dds, gene=gene_list[geneNum], 
  intgroup=c("Groups","Mouse"), returnData=TRUE)
  ggplot(geneCounts, aes(x=Mouse, y=count, color=Groups, 
  group=Groups)) +
  scale_y_log10() + geom_point(size=3) + geom_line() + 
  ggtitle(gene_list[geneNum])
  filename <- paste0("gene", geneNum, sep="_")
  ggsave(filename,
     plot = last_plot(), # or give ggplot object name as in myPlot,
     width = 5, height = 5,
     units = "in", # other options c("in", "cm", "mm"), 
     dpi = 300)
}

任何建议将不胜感激。

Answer 1

(从阿利斯泰尔的评论中复制。)
ggsave()在文件名上查找文件扩展名，例如.png ，并使用适当的 ( what R calls ) 图形设备来保存图像(实际上，用于对图像数据进行编码的系统类型，PNG、BMP、JPG、PDF 等)。此错误通常是由文件名中缺少或不正确的文件扩展名引起的。具体来说，在你的情况下，

改变

filename <- paste0("gene", geneNum, sep="_")

例如(对于 .png 输出):

filename <- paste0("gene", geneNum, ".png", sep="_")