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好吧,我挥舞着我的白旗。
我正在尝试对我的数据集计算 loess 回归。
我希望 loess 计算一组不同的点,这些点绘制为每个组的平滑线。
问题是 loess 计算逃避了 dplyr::group_by
函数,所以 loess 回归是在整个数据集上计算的。
互联网搜索让我相信这是因为 dplyr::group_by
不应该以这种方式工作。
我只是不知道如何在每个组的基础上进行这项工作。
以下是我尝试失败的一些示例。
test2 <- test %>%
group_by(CpG) %>%
dplyr::arrange(AVGMOrder) %>%
do(broom::tidy(predict(loess(Meth ~ AVGMOrder, span = .85, data=.))))
> test2
# A tibble: 136 x 2
# Groups: CpG [4]
CpG x
<chr> <dbl>
1 cg01003813 0.781
2 cg01003813 0.793
3 cg01003813 0.805
4 cg01003813 0.816
5 cg01003813 0.829
6 cg01003813 0.841
7 cg01003813 0.854
8 cg01003813 0.866
9 cg01003813 0.878
10 cg01003813 0.893
dplyr::arrange
早些时候。
test2 <- test %>%
group_by(CpG) %>%
dplyr::arrange(AVGMOrder) %>%
dplyr::do({
predict(loess(Meth ~ AVGMOrder, span = .85, data=.))
})
"Error: Results 1, 2, 3, 4 must be data frames, not numeric"
dplyr::mutate
的新列应用。
fems <- fems %>%
group_by(CpG) %>%
dplyr::arrange(AVGMOrder) %>%
dplyr::mutate(Loess = predict(loess(Meth ~ AVGMOrder, span = .5, data=.)))
> head(test)
X geneID CpG CellLine Meth AVGMOrder neworder Group SmoothMeth
1 40 XG cg25296477 iPS__HDF51IPS14_passage27_Female____165.592.1.2 0.81107210 1 1 5 0.7808767
2 94 XG cg01003813 iPS__HDF51IPS14_passage27_Female____165.592.1.2 0.97052120 1 1 5 0.7927130
3 148 XG cg13176022 iPS__HDF51IPS14_passage27_Female____165.592.1.2 0.06900448 1 1 5 0.8045080
4 202 XG cg26484667 iPS__HDF51IPS14_passage27_Female____165.592.1.2 0.84077890 1 1 5 0.8163997
5 27 XG cg25296477 iPS__HDF51IPS6_passage33_Female____157.647.1.2 0.81623880 2 2 3 0.8285259
6 81 XG cg01003813 iPS__HDF51IPS6_passage33_Female____157.647.1.2 0.95569240 2 2 3 0.8409501
unique(test$CpG) [1] "cg25296477" "cg01003813" "cg13176022" "cg26484667"
最佳答案
这是一种整洁的 Tidyverse 使其工作的方式:
library(dplyr)
library(tidyr)
library(purrr)
library(ggplot2)
models <- fems %>%
tidyr::nest(-CpG) %>%
dplyr::mutate(
# Perform loess calculation on each CpG group
m = purrr::map(data, loess,
formula = Meth ~ AVGMOrder, span = .5),
# Retrieve the fitted values from each model
fitted = purrr::map(m, `[[`, "fitted")
)
# Apply fitted y's as a new column
results <- models %>%
dplyr::select(-m) %>%
tidyr::unnest()
# Plot with loess line for each group
ggplot(results, aes(x = AVGMOrder, y = Meth, group = CpG, colour = CpG)) +
geom_point() +
geom_line(aes(y = fitted))
关于r - 使用 dplyr::group_by() 对每个组进行 loess 回归,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/50163106/
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