knitr中python block 的根目录？

Question

我希望这不像感觉那么简单。我有一个基本的目录设置:

root --> Paper
     --> Code

对于我正在写的论文。我想从 Paper 目录中的 knitr 文档中调用 Code 目录中的 Python 脚本(类似于 this ，但使用 Python 而不是 R)。所以它会是这样的:

Python 脚本 testit.py

## @knitr testit
import os
print os.getcwd()

knitr文件test.Rnw保存在Code目录下:

\documentclass{article}
\begin{document}

<<setup,echo=FALSE>>=
read_chunk("testit.py")
@

<<testit,engine='python'>>=
@

\end{document}

当我编译为 PDF 时，答案是正确的:

## /Users/blah/foo/bar/Code

但是文件test-2.Rnw保存在Paper目录下:

\documentclass{article}
\begin{document}

<<setup,echo=FALSE>>=
opts_knit$set(root.dir="../Code/")
read_chunk("../Code/testit.py")
@

<<testit,engine='python'>>=
@

\end{document}

输出:

## /Users/blah/foo/bar/Paper

root.dir 在这里没有明显的效果，就像对 R 块一样，我不知道还有什么可以尝试更改 Python 块的目录。这是一个问题，因为我想让python脚本对Code目录下的文件进行操作，但是当然找不到。我可以在 python 脚本中对目录更改进行硬编码，但这似乎很脆弱。我什至很高兴将根目录作为脚本的参数直接传递给 python 解释器，这可能吗(但我不这么认为，因为 knitr 使用 python -c ？)。关于如何处理这个的任何想法？我的 google-fu 在这里失败了...

Answer 1

抱歉，我没有足够关注 R 以外的引擎的路径问题。 .现在这个问题已经在 development version 中得到修复在 Github 上。