r - 如何增加 colorramppalette 中的颜色强度

Question

我在 R 中使用 pheatmap 包来制作不同类型数据的热图……并使用 colorramppalette 制作颜色，但颜色非常明亮。

我想要一些深色，我该怎么做？

这是代码:

hmcols<-colorRampPalette(c("white","red"))(256)

pheatmap(
  test,
  color=hmcols,
  cluster_rows=FALSE,
  cluster_cols=FALSE,
  legend=TRUE,
  show_rownames=FALSE,
  show_colnames=FALSE,
  filename="a.png"
)

我如何在 colorramppalette 中增加颜色强度，或者我可以使用任何其他类似于 pheatmap 但产生深色的热图包吗？

Answer 1

尝试使用 hcl并调整亮度步长。例如:

cols <- hcl(0,l=seq(1,100,length=11))
cols
# [1] "#3F0000" "#470016" "#591D2D" "#6F3744" "#87505B" "#A06974" "#BB838D" "#D69DA8"
# [9] "#F1B8C3" "#FFD4DE" "#FFF0FB"
plot(1:11,cex=4,bg=cols,pch=21)

?hcl下有很多例子我相信你会找到一些适合你需要的颜色中断。

如果这不适合您的需要，您还可以使用 RColorBrewer 下的一些色标。包，我强烈推荐(查看他们的 excellent website 以获得更多色阶)，并使用 colorRampPalette 插入颜色与 brewer.pal并且可能会截断色阶的末端。

您也可以使用发散色标，同样来自 RColorBrewer与顺序相反。所以这里有一些例子:

require(RColorBrewer)
par(mfrow=c(2,2))

cols <- colorRampPalette( colors = hcl(0,l=seq(1,100,length=11)) )
plot( 1:11 , cex = 4 , bg = cols(11) , pch = 21 , main = "HCL Colours")

cols <- colorRampPalette( colors = rev(brewer.pal(9,"Reds")) )
plot( 1:11 , cex = 4 , bg = cols(11) , pch = 21 , main = "Sequential RColorBrewer palette")

cols <- colorRampPalette( colors = rev(brewer.pal(9,"Reds"))[1:5] )
plot( 1:11 , cex = 4 , bg = cols(11) , pch = 21 , main = "Truncated sequential\nRColorBrewer palette" )

cols <- colorRampPalette( colors = brewer.pal(9,"RdBu") )
plot( 1:11 , cex = 4 , bg = cols(11) , pch = 21 , main = "Diverging RColorBrewer palette" )