r - gsub 中的反向引用评估时间

Question

我正在尝试生成结合 n 个高斯的函数，并使用从 nls 中检索到的值跑。我用 gsub用 nls 替换原始系数那些使用反向引用的。然而，似乎[在 \\1 之前对 datafame 进行评估.

这是一个 MWE :

nls <- data.frame(Estimate = seq(1,3))
row.names(nls) <- c("a","b","c")
gsub("(a|b|c)",paste0(" ",nls["\\1","Estimate"]," "),"a + b*x + c*x^2")

如您所见，替换是 NA，而对 nls 数据帧的调用似乎是有效的:

gsub("(a|b|c)",paste0(" ","\\1","Estimate"," "),"a + b*x + c*x^2")

任何延迟评估 [ 的想法?

谢谢 !

编辑:为了清楚起见，这里是现在运行良好的完整函数(它需要峰值数量、一个峰值的公式、公式中的参数、变量、常量 bool 值和 nls 结果作为参数，并返回使用的公式在 ggplot 的 stat_function() 中:

Generate_func <- function(peakNb,peakForm,peakParams, peakVar, constBool,nls){
  res <- as.data.frame(summary(nls)$coefficients, optional = T)
  rhs <- strsplit(peakForm, "~")[[1]][[2]]
  regex <- paste0("([*+-/\\^\\(\\)[:space:]]|^)(",paste0(peakParams, collapse = "|"),")([*+-/\\^\\(\\)[:space:]]|$)")
  exp_names <- paste0(sapply(seq(1,peakNb),function(i){
    paste0(sapply(peakParams, function(j){
      paste0(j,i)
    }))
  }))
  if(constBool){exp_names <- c("C", exp_names)}
  func_text <- paste0(sapply(seq(1,peakNb),function(n){gsubfn(regex, x + y + z ~ paste0(x,res[paste0(y,n),"Estimate"],z), rhs )}), collapse = " + ")
  func_text <- paste0(ifelse(constBool,paste0(res["C","Estimate"]," + "),""), func_text)

  func <- function(x){
    eval(parse(text = func_text))
  }
  names(formals(func)) <- c(peakVar)

  print(func_text)

  func
}

这是一个用法示例(出于长度考虑，不包括 nls 数据):

> testfunc <- Generate_func(3, "intensity_cnt ~ a * exp((-(energy_eV-b)^2)/(2*c^2))", c("a","b","c"), "energy_eV", constBool = T, testnls)
[1] "1000 +  32327.6598743022 * exp((-(energy_eV-1.44676439236578)^2)/(2*0.0349194350021539^2)) +  10000 * exp((-(energy_eV-1.49449385009962)^2)/(2*0.0102269096492807^2)) +  54941.8293572164 * exp((-(energy_eV-1.5321664735001)^2)/(2*0.01763494864617^2))"

感谢您的帮助 !

Answer 1

1) gsub用常量替换模式，但您要做的是将其替换为将函数应用于匹配字符串的结果。 gusbfn在 gsubfn package这样做。下面，第二个参数中的公式只是 gsubfn 函数的缩写形式，该函数的参数是左侧，主体是右侧。或者，第二个参数可以用通常的函数表示法( function(x) nls[x,] )表示，但代价是有点冗长:

> library(gsubfn)
> gsubfn("a|b|c", x ~ nls[x, ], "a + b*x + c*x^2")
[1] "1 + 2*x + 3*x^2"

请注意 "a|b|c"可以源自 nls使用 paste(rownames(nls), collapse = "|")以避免多余的规范。

2) 虽然 gsubfn显着简化了这一点，无需 gsubfn使用 substitute :

> L <- as.list(setNames(nls[[1]], rownames(nls)))  # L <- list(a = 1L, b = 2L, c = 3L)
> e <- parse(text = "a + b * x + c * x ^ 2")[[1]]  # e is the text as a "call" object
> s <- do.call(substitute, list(e, L))             # perform the substitution
> format(s)                                        # convert to character
[1] "1L + 2L * x + 3L * x^2"

L s 是因为 nls问题中定义的包含整数。如果您不喜欢，请在运行上述之前将它们转换为数字:

nls[[1]] <- as.numeric(nls[[1]])

3) 另一种可能性是遍历要替换的字符串。

> s <- "a + b*x + c*x^2"
> for(nm in rownames(nls)) s <- gsub(nm, nls[nm, ], s)
> s
[1] "1 + 2*x + 3*x^2"

如果我们知道每个被替换的次数不超过一次，我们可以使用 sub代替 gsub这里。

更新:更正了第二个解决方案。

更新 2:添加了第三个解决方案。