r - 分面时使用 stat_summary 为折线图生成误差线的问题

Question

我正在尝试使用 stat_summary 向折线图添加误差线在 ggplot2 中，但是当我对图形进行分面时它不起作用

我的数据:

    date week year location imidacloprid block wickhami virescens sexta
1 15-May    1 2015  kinston           tp     1        0         0     0
2 15-May    1 2015  kinston           gh     1        0         0     0
3 15-May    1 2015  kinston          utc     1        0         0     0
4 15-May    1 2015  kinston           gh     2        0         0     0
5 15-May    1 2015  kinston          utc     2        0         0     0
6 15-May    1 2015  kinston           tp     2        0         0     0


'data.frame':   576 obs. of  9 variables:
 $ date        : Factor w/ 27 levels "1-Jul","12-Jun",..: 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 ...
 $ week        : Factor w/ 12 levels "1","2","3","4",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ year        : Factor w/ 2 levels "2015","2016": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ location    : Factor w/ 2 levels "kinston","rocky mount": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ imidacloprid: Factor w/ 3 levels "gh","tp","utc": 2 1 3 1 3 2 3 2 1 2 ...
 $ block       : Factor w/ 4 levels "1","2","3","4": 1 1 1 2 2 2 3 3 3 4 ...
 $ wickhami    : num  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ virescens   : num  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 $ sexta       : num  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...

总结用于绘图的数据:

wickhami_sum = summarySE(bug_subset_final, 
                measurevar="wickhami", 
                groupvars=c("imidacloprid","week","year"))

   imidacloprid week year N wickhami         sd          se         ci
1            gh    1 2015 8   0.0000  0.0000000  0.00000000  0.0000000
2            gh    1 2016 8   0.0000  0.0000000  0.00000000  0.0000000
3            gh    2 2015 8   0.0000  0.0000000  0.00000000  0.0000000
4            gh    2 2016 8   0.0000  0.0000000  0.00000000  0.0000000
5            gh    3 2015 8   0.0000  0.0000000  0.00000000  0.0000000
6            gh    3 2016 8   0.1250  0.2314550  0.08183171  0.1935012
7            gh    4 2015 8   0.0000  0.0000000  0.00000000  0.0000000
8            gh    4 2016 8   0.5000  0.4629100  0.16366342  0.3870025
9            gh    5 2015 8   0.5000  0.3779645  0.13363062  0.3159862

下面的代码没有给我任何问题，并生成我的两年数据组合的折线图，并通过 stat_summary 生成误差线

ggplot(wickhami_sum, aes(x=week, y=wickhami,linetype=imidacloprid,group=imidacloprid))+
  stat_summary(fun.data=mean_se,geom="errorbar",width=.2,color="black",position=position_dodge(0.2))+
  stat_summary(fun.y=mean,geom="line",position=position_dodge(0.2))

但是，当我尝试按年份对数据进行分面时(如下所示)，我无法让 stat_summary 生成错误栏并获得以下错误消息

ggplot(wickhami_sum, aes(x=week, y=wickhami,linetype=imidacloprid,group=imidacloprid))+
  stat_summary(fun.y=mean,geom="line",position=position_dodge(0.2))+facet_grid(year~.)+
  stat_summary(fun.data=mean_se,geom="errorbar",width=.2,color="black",position=position_dodge(0.2))

Warning message:
Removed 72 rows containing missing values (geom_errorbar). 

我已经尝试扩大 y 轴的范围/限制以包括误差线，但我仍然收到相同的警告消息并且没有误差线。
我希望使用 stat_summary 为分面图生成误差条，而不必再次计算标准误差。任何帮助我们理解为什么 faceting 不允许 stat_summary 正常运行，或者我做错了什么。

Answer 1

这是我认为正在发生的事情:未分面图中每周有两行数据，但分面图中每个面板中每周只有一行数据，导致标准误差计算返回 NA . stat_summary用于未汇总的数据，并在内部进行数据汇总。使用 bug_subset_final与 stat_summary ，或切换到 geom_errorbar继续使用 wickhami_sum .详情如下。

您已经预先汇总了数据，但是 stat_summary旨在处理原始数据并在内部计算汇总值。在汇总数据框中 wickhami_sum你已经传递给 ggplot，每周有两行，2015 年的每一周和 2016 年的每一周。所有按周和年的数据已折叠成每周和每年的单行通过汇总操作。

因此，在未分面的图中，stat_summary 有两行数据。每周进行手术。但是在分面图中，它试图从单个观察中计算标准误差，这可能返回 NA ，因此没有绘制任何内容。即使在未切面的图中，您的误差线也是根据每年的两个平均值计算得出的，这也不是您想要的。

相反，要么继续使用 wickhami_sum ，而不是 stat_summary做:

geom_errorbar(aes(ymin = wickhami - se, ymax=wickhami + se))

或者，使用原始数据(看起来像是 bug_subset_final )和 stat_summary :

ggplot(bug_subset_final, aes(x=week, y=wickhami)) +      
  stat_summary(fun.data=mean_se, geom="errorbar)`.