r - `bookdown`/`rmarkdown`/`knitr` : Child documents and path definition in `YAML` headers

Question

我正在构建一个广泛使用子文档的报告基础结构(通过 {r, child = 'somedir/child_doc.Rmd'} )并通过 params 参数化YAML 中的字典主文档的标题。一个例子可能是:

---
title: Project Report
subtitle: POIGNANT DESCRIPTION OF THE WORK AT HAND
date: '`r format(Sys.time(), "%d %B, %Y")`'
output:
  bookdown::pdf_document2:
    template: ~
    toc: yes
    toc_depth: 2
colorlinks: yes
fontsize: 11pt
documentclass: scrartcl
geometry: margin=1in, a4paper
params:
  submodule:
    value:
      intro:
        data_dir: 'data'
---

使用这种结构，访问 data_dir由于主文档和子文档的工作目录不同，因此变得有问题，因此相对路径定义也不同。出路是:

在定义 data_dir 时使用绝对/扩展路径名. 快速变长/笨拙。

params 的后处理对象以扩展主文档中的路径。如params从 R 内部访问时是不可变的 block ，这只能在 中解决不雅方式:

```{r params-processing, include = FALSE}
local_params <- params
local_params$submodule$intro$data_dir <- path.expand(local_params$submodule$intro$data_dir)

其次是local_params的内部使用而不是 params .

使用类似 !R path.expand('data') 的路径就地扩展在 YAML 中定义参数时标题。虽然这(或基于 ` 的等价物)适用于 data示例中的字段 knitr学习 失败 在路径情况下为 R表达式未扩展，但用作字符表示 - 和文字 "path.expand('data')"显然不作为路径存在。

我很感激任何关于如何巧妙地解决这个问题的提示 - 特别是 3. 是否可以工作......

Answer 1

source code of r-yaml (由 bookdown::render_book 隐式调用)表明您可以通过使用 expr 解析相对路径来相当容易地解决选项 3。标签:

params:
  submodule:
    value:
      intro:
        data_dir: !expr normalizePath('data')

这会评估 YAML 中的 R 表达式，不需要任何进一步的处理。
data_dir: !r normalizePath('data')也是可接受的语法，由 knitr 处理.不幸的是， !R 都没有。或 `r ，你试过的两个，都被解释了。

我还建议使用 normalizePath相反，因为它返回给定任何相对目录的绝对路径。您使用 path.expand 的示例仅执行波浪号扩展，因此对局部相对路径没有影响，例如 'data' . normalizePath实际调用 path.expand作为第一步。

像往常一样简单地访问完全扩展的路径

```{r params-processing}
print(params$submodule$intro$data_dir)
```
## $value
## [1] "/Users/user_name/full_path_to_book/my_book/data"
##
## $expr
## [1] "normalizePath('data')"
##
## attr(,"class")
## [1] "knit_param_expr"

注意，最好使用 !r视为 r-yaml行为可能会改变，因为它当前会引发警告:

Warning message:
In yaml.load(readLines(con), error.label = error.label, ...) :
  R expressions in yaml.load will not be auto-evaluated by default in the near future