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snakemake - 使用 snakemake 打印简化的 DAG 图

转载 作者:行者123 更新时间:2023-12-05 00:11:35 25 4
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我有一个很长的蛇形工作流程,处理 9 个具有许多并行规则的样本。当我为 DAG 创建图片时:

snakemake --forceall --dag | dot -Tpdf > dag.pdf

生成的 dag 图很大而且非常冗余(由于复杂的节点放置而很难看)。

是否可以生成一个规范的 dag 图,它不会显示每个任务的 9 个节点,而只显示所有步骤的主要路径?

我认为 od 将我的示例列表简化为一个示例,但希望有一种更好的方法而无需接触蛇文件( secret 参数?)

谢谢

最佳答案

使用标志--rulegraph而不是 --dag .

关于snakemake - 使用 snakemake 打印简化的 DAG 图,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/53282807/

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