r - 从 ggplot2 geom_raster() 生成分色矩形

Question

我一直在尝试使用 ggplots/reshape2 和这样的代码生成二维矩形图:

library(reshape2)
library(ggplot2)
m <- matrix( c('SNV', 'SNV', NA, NA, 'INDEL', 'SNV', 'INDEL', 'SNV', 'SNV/INDEL'), 3, 3 )
ggplot(melt(m), aes(Var1,Var2, fill=value)) + geom_raster() + xlab('Patient') + ylab('Gene')

请注意，对于具有 SNV/INDEL 的磁贴，它如何将其着色为蓝色作为单独的类别，因为它应该如此。我只是想知道是否有办法让它实际上有一个分色瓷砖，这样瓷砖颜色是栗色/绿色(比如瓷砖的一半是栗色，另一半是绿色)？

谢谢，

Answer 1

这比我想要的要手动一些，但它可以概括为一个单元格中的两个以上值。这也使用 data.table ，仅仅因为它使在熔化的数据框中以“X/Y/Z”格式转换值变得非常容易:

library(data.table)
dt <- data.table(melt(m))
dt <- dt[, strsplit(as.character(value), "/"), by=list(Var1, Var2)]  # this expands "X/Y/Z" into three rows
dt[, shift:=(1:(.N))/.N - 1/(2 * .N) - 1/2, by=list(Var1, Var2)]
dt[, height:=1/.N, by=list(Var1, Var2)]
ggplot(dt, aes(Var1,y=Var2 + shift, fill=V1, height=height)) + 
  geom_tile(color="yellow", size=1) + xlab('Patient') + ylab('Gene')

请注意，我通过添加一个包含三个值的框使您的数据集变得更有趣(而且这是与 geom_tile 一起使用的，而不是栅格，希望它不会破坏交易)。

m <- structure(c("SNV", "SNV", NA, NA, "INDEL/POS/NEG", "SNV", "INDEL", 
            "SNV", "SNV/INDEL"), .Dim = c(3L, 3L))