r - 有效地找到向量中的相邻值

Question

我有一个 R 数据框，其中有一个数字向量表示沿染色体的位置和一个基因名称向量。我还有一个该染色体上有趣元素的起始位置向量。我想提取每个元素上方和下方的 3 个最接近基因的名称和位置，我想知道最有效的方法来解决这个问题。

例如:

genes <- data.frame("geneStart"=sort(sample(500,10)), "geneName"=sample(LETTERS,10))
genes
   geneStart geneName
1         66        X
2        158        U
3        262        N
4        385        D
5        387        H
6        418        Z
7        464        J
8        469        Y
9        475        L
10       491        I

我想最终得到一个函数，我们称之为 getAdjacent ，像这样:

getAdjacent(280)
[1] "X" "U" "N" "D" "H" "Z"
getAdjacent(479)
[1] "J" "Y" "L" "I" NA NA

Answer 1

使用 findInterval :

getAdjacent <- function(x) {
   idx       <- findInterval(x, genes$geneStart)
   range.idx <- (idx-2):(idx+3)
   range.idx <- ifelse(range.idx <= 0, NA, range.idx)
   as.character(genes$geneName)[range.idx]
}

如果 x，您可能需要调整行为属于 genes$geneStart取决于您的喜好。