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以下蛇形脚本:
rule all:
input:
'test.done'
rule pipe:
output:
'test.done'
shell:
"""
seq 1 10000 | head > test.done
"""
snakemake -s test.snake
Provided cores: 1
Rules claiming more threads will be scaled down.
Job counts:
count jobs
1 all
1 pipe
2
rule pipe:
output: test.done
jobid: 1
Error in job pipe while creating output file test.done.
RuleException:
CalledProcessError in line 9 of /Users/db291g/Tritume/test.snake:
Command '
seq 1 10000 | head > test.done
' returned non-zero exit status 141.
File "/Users/db291g/Tritume/test.snake", line 9, in __rule_pipe
File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.6/lib/python3.6/concurrent/futures/thread.py", line 55, in run
Removing output files of failed job pipe since they might be corrupted:
test.done
Will exit after finishing currently running jobs.
Exiting because a job execution failed. Look above for error message
head
发送的SIGPIPE失败。 .我想严格来说,snakemake 在捕捉失败方面做的是正确的事情,但我想知道是否有可能忽略某些类型的错误,比如这个错误。我有一个使用
head
的蛇形脚本命令,我正在尝试找到解决此错误的方法。
最佳答案
是的,Snakemake 默认设置 pipefail,因为在大多数情况下,这是人们隐含的期望。您始终可以通过添加 set +o pipefail;
来为特定命令停用它。到 shell 命令。
关于snakemake - 处理snakemake中的SIGPIPE错误,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/46569236/
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