mpi - 在 sun Grid Engine (SGE) 中将作业分布在集群的不同节点上

Question

我正在尝试让 sun gridending (sge) 在我集群的所有节点上运行 MPI 作业的单独进程。

发生的情况是每个节点都有 12 个处理器，因此 SGE 将我的 60 个进程中的 12 个分配给 5 个单独的节点。

我希望它为 30 个可用节点中的每一个分配 2 个进程，因为在每个节点上运行 12 个进程(DNA 序列比对)时，节点内存不足。

所以我想知道是否可以明确让 SGE 将进程分配给给定节点？

谢谢，

保罗。

Answer 1

检查并行环境配置中的“allocation_rule”；或者通过为 allocation_rule 指定 $pe_slots 然后使用 -pe 选项给 qsub 你应该能够做你上面要求的事情。