r - 使用 glmer 处理嵌套数据

Question

我有关于跨纬度感染特定宿主物种的病原体多样性的数据。设计涉及在不同纬度的4个地点的3个地点收集20个人，因此我有20个人，嵌套在3个地点内，嵌套在4个地点内。

鉴于我的病原体多样性数据是带有许多零的计数数据，这就是为什么我一直在探索使用带有 lme4::glmer 的 GLMM 的原因。 R中的命令来分析数据。对于分析，我想将纬度视为数字固定因素，将站点视为与位置嵌套的随机因素。

对于我的完整模型，我设置了如下命令:

glmer(pathogen.richness~latitude+(site|location),data=my.data,
      family="poisson")

这是我所描述的正确语法吗？

谢谢!

Answer 1

你可能想要

glmer(pathogen.richness~latitude+(1|location/site),
     data=my.data,family="poisson")

但是，您可能会在尝试将位置的随机效应仅适用于 4 个位置时遇到问题，因此您可能更喜欢

glmer(pathogen.richness~latitude+location+(1|location:site),
     data=my.data,family="poisson")

(尽管位置在概念上是一种随机效应，但将其作为固定效应进行拟合可能更实用)。

不要忘记检查过度分散；处理此问题的一种方法是添加观察级随机效应:

transform(my.data,obs=factor(seq(nrow(mydata)))
update(prev_model,.~.+(1|obs))

见 http://glmm.wikidot.com/faq和 http://glmm.wdfiles.com/local--files/examples/Banta_2011_part1.pdf想要查询更多的信息。