r - tryCatch 函数中的 while 循环

Question

我在排列数据上运行 GLMM，对于其中一些我有收敛的错误消息。
由于这是我的空模型，我只需要重新采样这个特定的排列数据。
因此，我试图处理 R 的 tryCatch 函数，但我有一些失败。
我有 Perm，它是我的数据帧的置换数据集和 pglmm，它是置换数据的 glmm 模型。所以我有以下结构:

pglmm<-NULL
for (i in seq_along(Perm)){
pglmm[[i]]<-summary(lme("My GLMM model"))
}

为了处理错误，我尝试了这种结构

pglmm<-NULL
for (i in seq_along(Perm)){
pglmm[[i]]<- tryCatch(summary(lme()),
error=function(err){
pglmm[[i]]<- summary(lme("My GLMM model on resample data"))
return(pglmm[[i]])
}
}

现在它正在工作，但即使对出现错误的数据进行一次重新采样，我也可能会遇到收敛问题，因此我需要添加一个 while 循环以重新采样，直到不再出现此收敛错误为止。但是我真的不知道在哪里添加这个 while 循环(在 error=function(err) 内，还是应该在启动 for 循环时添加？)。

预先感谢您的帮助。

Answer 1

预分配和填充，成功时增加迭代器而不是迭代序列

pglmm <- vector("list", length(Perm))
i <- 1
while (i <= length(Perm)) {
    pglmm[[i]] = tryCatch(summary(lme(...)), error=identity)
    if (!is(pglmm[[i]], "error"))
        i <- i + 1
}

或避免需要管理内存

pglmm <- replicate(length(Perm), {
    repeat {
        result <- tryCatch(summary(lme(...)), error=identity)
        if (!is(result, "error"))
            break
    }
    result
})