r - 每个主题每 X 天计算一次事件(在不规则的时间序列中)

Question

我有数据来计算护理次数(例如急诊就诊)。诀窍是，我不能计算每一次访问，因为有时第二次或第三次访问实际上是对前一个问题的跟进。因此，我被指示使用 30 天的“清洁期”或“停电期”来计算访问次数，因此，我按患者(最小日期)查找第一个事件(访问 1)，我计算该事件，然后应用规则，以便不计算第一个事件后 30 天内发生的任何访问。在 30 天窗口期过后，我可以开始寻找第 2 次访问(访问 2)，计算第 1 次，然后再次应用 30 天停电(不计算访问 #2 后 30 天内发生的任何访问)。 .. 清洗、冲洗、重复...

我已经组装了一个非常草率的解决方案，需要大量的保姆和手动检查步骤(见下文)。我必须相信有更好的方法。帮助!

data1 <- structure(list(ID = structure(c(2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 
3L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L), .Label = c("", "patient1", "patient2", 
"patient3"), class = "factor"), Date = structure(c(14610, 14610, 
14627, 14680, 14652, 14660, 14725, 15085, 15086, 14642, 14669, 
14732, 14747, 14749), class = "Date"), test = c(1L, 1L, 1L, 2L, 
1L, 1L, 2L, 3L, 3L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L)), .Names = c("ID", "Date", 
"test"), class = "data.frame", row.names = c(NA, 14L))

library(doBy) 
##     create a table of first events 
step1 <- summaryBy(Date~ID, data = data1, FUN=min) 
step1$Date30 <- step1$Date.min+30                                     
step2 <- merge(data1, step1, by.x="ID", by.y="ID") 
##     use an ifelse to essentially remove any events that shouldn't be counted 
step2$event <- ifelse(as.numeric(step2$Date) >= step2$Date.min & as.numeric(step2$Date) <= step2$Date30, 0, 1)
##     basically repeat steps above until I dont capture any more events
##  there just has to be a better way
data3 <- step2[step2$event==1,] 
data3<- data3[,1:3] 
step3 <- summaryBy(Date~ID, data = data3, FUN=min) 
step3$Date30 <- step3$Date.min+30 
step4 <- merge(data3, step3, by.x="ID", by.y="ID") 
step4$event <- ifelse(as.numeric(step4$Date) >= step4$Date.min & as.numeric(step4$Date) <= step4$Date30, 0, 1)
data4 <- step4[step4$event==1,]
data4<- data4[,1:3]
step5 <- summaryBy(Date~ID, data = data4, FUN=min)
step5$Date30 <- step5$Date.min+30
##     then I rbind the "keepers" 
##     in this case steps 1 and 3 above 
final <- rbind(step1,step3, step5) 
##     then reformat 
final <- final[,1:2] 
final$Date.min <- as.Date(final$Date.min,origin="1970-01-01") 
##     again, extremely clumsy, but it works...  HELP! :)

Answer 1

此解决方案是无循环的，仅使用基数 R。它生成一个逻辑向量 ok选择可接受的行 data1 .
ave分别对每个患者运行指定的匿名函数。

我们定义了一个状态向量，它由当前日期和不考虑其他日期的时期的开始组成。每个日期由 as.numeric(x) 表示哪里x是日期。 step获取状态向量和当前日期并更新状态向量。 Reduce在数据上运行它，然后我们只获取最小日期和当前日期相同且当前日期不重复的结果。

step <- function(init, curdate) {
    c(curdate, if (curdate > init[2] + 30) curdate else init[2])
}

ok <- !!ave(as.numeric(data1$Date), paste(data1$ID), FUN = function(d) {
    x <- do.call("rbind", Reduce(step, d, c(-Inf, 0), acc = TRUE))
    x[-1,1] == x[-1,2] & !duplicated(x[-1,1])
})

data1[ok, ]