image - 使用 Matlab 将 uint16 tiff 图像保存为真彩色

Question

我正在处理 tiff 格式的显微镜图像(在 Matlab 中)，通常是 uint8 或 uint16。基本上我读取它们，将它们放入单元格数组中进行处理，然后将它们以 tiff 格式导出为图像序列或堆栈(分别使用 imwrite 和 imwrite 的“覆盖”或“追加”写入模式属性)。到目前为止，一切都运行良好。

我遇到的问题如下:

当我用 ImageJ 打开图像时，它们不是真彩色“RGB”颜色模式，而是复合模式。例如，ImageJ 将数据读取为 8 位，但它不会以真彩色打开图像(抱歉，我不知道正确的术语选择不当)。因此我必须手动将 3 个 channel 组合在一起，这对于大型数据集来说很麻烦。

这是解释的屏幕截图。左边是我想要的，即如果我直接用 ImageJ 打开图像，我会得到什么，右边是我用 Matlab 保存图像并用 ImageJ 打开它们后的当前结果，这是我不想要的。

我用来导出图像序列的代码如下。 “FinalSequenceToExport”是包含图像的元胞数组。

for i = 1:SliceNumber
    ExportedName = sprintf('%s%s%d.tiff',fileName,'Z',i);
  imwrite(FinalSequenceToExport{i},ExportedName,'tif','WriteMode','overwrite','Compression','none');

end

• 例如，如果我询问 Matlab FinalSequenceToExport{1} 的大小，它会给出 512 x 512 x 3。
• 如果我在命令窗口中打开给定的图像，然后使用与上面相同的代码保存它，它会执行我想要的操作，并且生成的图像会按照我想要的方式在 ImageJ 中打开。因此，我的猜测是问题是由元胞数组的使用引起的，但我不明白这是怎么回事。

希望我已经说得够清楚了。如果没有，请询​​问更多详细信息。感谢您的帮助!

Answer 1

您需要指定 'ColorSpace'

试试这个

imwrite(FinalSequenceToExport{i},ExportedName,...
       'tif','WriteMode','overwrite','Compression','none', ...
       'ColorSpace', 'rgb');