r - 将组合输出转换为 'dist' 类型的矩阵

Question

我有以下形式的数据框:

   dim1  dim2
1 Loc.1 0.325
2 Loc.2 0.325
3 Loc.3 0.321
4 Loc.4 0.256
5 Loc.5 0.255

我想计算“dim2”中两(2)个元素的每个组合的平均值；并将输出转换为矩阵；同时保留“dim1”提供的信息。

现在，我可以使用 combn 函数获得成对均值:

combn(tab[,2],2, mean)
[1] 0.3250 0.3230 0.2905 0.2900 0.3230 0.2905 0.2900 0.2885 0.2880 0.2555

但我希望它以类似矩阵的形式显示(这实际上与类“dist”的对象非常相似，因为我希望它用于进一步分析)，如下所示:

        Loc.1   Loc.2   Loc.3   Loc.4
Loc.2   0.325           
Loc.3   0.323   0.323       
Loc.4   0.290   0.291   0.289   
Loc.5   0.290   0.290   0.288   0.256

(正如您所见，我还需要“Loc.x”信息)

我找不到可以直接在我的数据框“选项卡”上计算成对计算的简单函数。我可以使用 for 循环，但我觉得应该有一种更直接的方式。

有什么建议吗？非常感谢!

Answer 1

这是将向量转换为距离矩阵的一种相对简单的方法:

vec <- c(0.3250, 0.3230, 0.2905, 0.2900, 0.3230, 0.2905, 0.2900, 0.2885, 0.2880, 0.2555)

mat <- matrix(nrow = 5, ncol = 5)
mat[lower.tri(mat)] <- vec
mat <- as.dist(mat)

#output
> mat
       1      2      3      4
2 0.3250                     
3 0.3230 0.3230              
4 0.2905 0.2905 0.2885       
5 0.2900 0.2900 0.2880 0.2555