r - R 中的点图与点阵 : display of vertical axis and error bars

Question

我正在尝试使用 lattice 中的库 latticeExtra 和 R 做点图。但是，没有正确表示垂直 y 轴上的值。 R 不是选择数字变量的实际值，而是绘制值的等级。也就是说，有值 [375, 500, 625, 750, ..., 3000] 和 R 绘制它们的等级 [1,2,3,4,...23] 并相应地选择比例。有人遇到过这样的问题吗？如何在垂直 y 尺度上使用像 (0, 500, 1000, 1500, ...) 这样的刻度来管理获得正确的表示？

到目前为止的程序代码:

df.dose <- read.table("data.csv", sep=",", header=TRUE)
library(lattice); library(latticeExtra)

useOuterStrips(dotplot(z ~ sample.size | as.factor(effect.size)*as.factor(true.dose),
               groups=as.factor(type), data=df.dose, as.table=TRUE))

(从下面的评论中添加):另外，可以将误差线添加到图表中吗？我想到了以下内容(要添加到通话中)，但似乎不起作用。有可能吗？

up=z+se, lo=z-se, panel.groups=function(x,y,..., up, lo, subscripts){ 
   up <- up[subscripts]
   lo <- lo[subscripts]
   panel.segments(lo, as.numeric(y), up, as.numeric(y), ...)
}

这是我的数据: https://www.dropbox.com/s/egy25cj00rhum40/data.csv

补充:这是使用 expand.grid 和 dput 的数据的相关部分:

df.dose <- expand.grid(effect.size=c(-.5, -.625, -0.75),
                       sample.size=c(40L, 60L, 80L),
                       true.dose=c(375L, 500L, 750L, 1125L),
                       type=c("dose", "categ", "FP2", "FP1"))
df.dose$z <- c(875L, 875L, 750L, 750L, 750L, 625L, 625L, 625L, 625L, 875L, 
875L, 750L, 1000L, 1000L, 1000L, 1125L, 1000L, 875L, 1000L, 1000L, 
875L, 1000L, 1000L, 875L, 1125L, 1000L, 1000L, 1250L, 1125L, 
1000L, 1250L, 1250L, 1125L, 1250L, 1000L, 1000L, 500L, 500L, 
500L, 500L, 500L, 500L, 500L, 500L, 500L, 625L, 625L, 625L, 625L, 
625L, 625L, 625L, 625L, 625L, 750L, 750L, 625L, 750L, 750L, 750L, 
750L, 750L, 750L, 875L, 875L, 750L, 750L, 875L, 875L, 875L, 875L, 
875L, 2500L, 1500L, 1125L, 2000L, 1000L, 1750L, 250L, 500L, 500L, 
1250L, 750L, 625L, 875L, 500L, 500L, 875L, 500L, 375L, 1250L, 
875L, 750L, 1000L, 625L, 625L, 875L, 500L, 500L, 1125L, 1000L, 
875L, 1125L, 875L, 625L, 1125L, 1000L, 625L, 2500L, 2125L, 2375L, 
2000L, 750L, 2625L, 250L, 625L, 250L, 875L, 875L, 500L, 625L, 
500L, 625L, 1000L, 500L, 375L, 1000L, 875L, 625L, 875L, 500L, 
500L, 875L, 500L, 500L, 1250L, 1125L, 875L, 1125L, 875L, 750L, 
1250L, 1000L, 625L)

Answer 1

您需要使 z 成为一个因素:dotplot(factor(z) ~ ...
此外，您可能希望图中有一些抖动以防止重叠；尝试添加 jitter.x=TRUE 或 jitter.y=TRUE ，或两者。

根据您在下面的评论并再次查看数据，我认为您以错误的方式绘制了点图。我认为您希望线条用于样本大小，而不是用于 z 的。如果你真的想要 z 在垂直轴上，那么你需要添加 horizontal=TRUE 。您还可以交换水平轴和垂直轴上的内容。

useOuterStrips(dotplot(z ~ factor(sample.size) | 
                             as.factor(effect.size)*as.factor(true.dose),
                  groups=as.factor(type), data=df.dose,  
                  as.table=TRUE, horizontal=FALSE, jitter.x=TRUE))

要添加错误栏，它有点复杂，因为面板中有组，因此您需要使用 panel.groups 函数；此外，为了使线条不重叠，您可能希望将它们从一侧到另一侧稍微抖动一下，最好在自定义 panel 函数中完成。

df.dose$se <- 200
df.dose$type <- factor(df.dose$type)
df.dose$sample.size <- factor(df.dose$sample.size)

panel.groups.mydotplot <- function(x, y, subscripts, up, lo, 
                                   col=NA, col.line=NA, ...) {
  panel.points(x, y, ...)
  panel.segments(x, lo[subscripts], x, up[subscripts], col=col.line, ...)
}
panel.mydotplot <- function(x, y, subscripts, groups, ..., jitter=0.1) {
  jitter <- seq(-1,1,len=nlevels(groups))*jitter
  xx <- as.numeric(x) + jitter[as.numeric(groups[subscripts])]
  panel.dotplot(x, y, groups=groups, subscripts=subscripts, pch=NA, ...)
  panel.superpose(xx, y, groups=groups, subscripts=subscripts,  
                  panel.groups=panel.groups.mydotplot, ...)
}
pp <- dotplot(z ~ sample.size | as.factor(effect.size)*as.factor(true.dose),
              groups=type, data=df.dose, as.table=TRUE, horizontal=FALSE,
              up=df.dose$z + df.dose$se, lo=df.dose$z - df.dose$se,
              panel=panel.mydotplot, auto.key=list(space="right"))
useOuterStrips(pp)