r - 使用数字和字母(字母数字)名称对文件/对象进行排序

Question

我的文件是:

CT.BP.50.txt
CT.BP.200.txt
CT.BP.500.txt 
GP.BP.50.txt
GP.BP.200.txt 
GP.BP.500.txt 

files <- c("CT.BP.50.txt", "CT.BP.200.txt", "CT.BP.500.txt", "GP.BP.50.txt", "GP.BP.200.txt", "GP.BP.500.txt")

我想对它们执行特定的操作，我可以这样做:

for (i in 1:length(files)) {
    foo <- read.table(files[i])
    barplot(table(foo$V1), main = files[i])
}

但是 R 按以下顺序绘制它们:

"CT.BP.200.txt" "CT.BP.500.txt" "CT.BP.50.txt" "GP.BP.200.txt" "GP.BP.500.txt" "GP.BP.50.txt"

我希望它们按排序顺序绘制:

"CT.BP.50.txt" "CT.BP.200.txt" "CT.BP.500.txt" "GP.BP.50.txt" "GP.BP.200.txt" "GP.BP.500.txt"

如何对带有字母数字名称的对象进行排序？

Answer 1

问题是 list.files() 以标准(词法)排序顺序返回文件名，并且数字正在逐个位置进行比较，而不是作为数字的一部分。

files <- sort(c("Gen.Var_CT.BP.200.txt", "Gen.Var_CT.BP.500.txt", 
                "Gen.Var_CT.BP.50.txt", "Gen.Var_GP.BP.200.txt",
                "Gen.Var_GP.BP.500.txt", "Gen.Var_GP.BP.50.txt"))

在我的系统上，这给出了:

> files
[1] "Gen.Var_CT.BP.200.txt" "Gen.Var_CT.BP.50.txt"  "Gen.Var_CT.BP.500.txt"
[4] "Gen.Var_GP.BP.200.txt" "Gen.Var_GP.BP.50.txt"  "Gen.Var_GP.BP.500.txt"

函数 gtools::mixedsort 将(通常)按您想要的方式排序:字符串中的一系列数字将被视为用于排序的数字。但是，您的示例有一些障碍，因为 mixedsort 假设 . 是数字的一部分，因此将 .200. 视为潜在数字，实际上不能将其作为数字进行排序。由于您的示例中没有实际的小数点，因此您可以解决这个问题。

files <- files[mixedorder(gsub("\\.", " ", files))]

所以文件现在排序为:

> files
[1] "Gen.Var_CT.BP.50.txt"  "Gen.Var_CT.BP.200.txt" "Gen.Var_CT.BP.500.txt"
[4] "Gen.Var_GP.BP.50.txt"  "Gen.Var_GP.BP.200.txt" "Gen.Var_GP.BP.500.txt"