r - 如何确保同一服务器上不同用户之间的 R 环境一致？

Question

我正在使用内部包“MyPKG”编写可重复分析的协议(protocol)。每个用户将提供自己的输入文件；除了输入之外，分析应该在相同的条件下运行。 (例如，以便我们可以推断不同的结果是由于不同的输入文件)。

MyPKG 正在开发中，所以 library(MyPKG)将加载用户在其本地库中编译的最后一个版本。它还将加载在其本地库中找到的任何依赖项。

但我希望每个人都使用特定版本 (MyPKG_3.14) 进行此分析，同时仍允许开发更新的版本。如果我理解正确，“R --vanilla”将为每个人加载相同的依赖项。

完成后，我们会将工作环境保存为 VM，以保持稳定的可重现环境。因此，临时(6 个月)的解决方案就足够了。

我提出了两种可能的解决方案，但不确定是否足够。

请服务器管理员将 MyPKG_3.14 安装到默认的 R 路径中，然后在协议(protocol)中提供以下代码:

R --vanilla
library(MyPKG)
....

或

在特定库中编译 MyPKG_3.14，例如lib.loc = "/home/share/lib/R/MyPKG_3.14"，然后提供

R --vanilla
library(MyPKG)

这两种方法是否足以确保每个人都运行相同的版本？

一个比另一个更可取吗？

是否还会出现其他不可预见的问题？

是否有标准化多重分析的首选选项？

我是否应该对 SessionInfo() 的输出进行测试？ ?

在服务器上创建一个帐户供所有人使用会更好吗？

Answer 1

几点:

使用系统范围的软件包安装，例如R 的 Debian/Ubuntu 二进制文件(包括 CRAN 端口)将尝试使用 /usr/local/lib/R/site-library (如果添加到拥有该目录的组中，用户也可以安装)。这样每个人都能得到相同的版本

使用系统范围的配置，例如更喜欢 $R_HOME/etc/在 ~/ 下面的点文件上.出于同样的原因，Debian/Ubuntu 软件包在 /etc/R/ 中提供软链接(soft link)。

使用 R 的工具来查询它的包(例如 installed.packages() )以报告包和版本。

在可用的情况下，使用操作系统级别的工具来查询操作系统版本和版本。然而，这不太标准化。

关于最后一点我在家里的盒子说

> edd@max:~$ lsb_release -a | tail -4
> Distributor ID: Ubuntu
> Description:    Ubuntu 12.04.1 LTS
> Release:        12.04
> Codename:       precise
> edd@max:~$ 

这是一个开始。