r - 安装 R Bioconductor 包时“lib = "/usr/lib/R/library"”不可写

Question

每个人!
我正在尝试安装 Bioconductor 包“cummeRbund”并且经常失败。我试过了biocLite("cummeRbund")启用 BiocInstaller 的命令，install.packages("cummeRbund")以及它们与指定库地址的变化。结果总是

"Warning in install.packages(update[instlib == l, "Package"], l, contriburl = contriburl,  :
  'lib = "/usr/lib/R/library"' is not writable"

并且 r 一直让我使用个人目录。我应该怎么做才能摆脱这个讨厌的问题(“cummeRbund”不是唯一一个一直无法安装的软件包)？

我的规范:Ubuntu 14.04 LTS 64 位，R 版本 3.2.2 (2015-08-14) -- “防火安全”，Bioconductor 版本 3.2 (BiocInstaller 1.20.0)

Answer 1

R 的默认库路径对于当前用户是不可写的，这并不少见。这通常意味着 R 是由不同的用户安装的。这本身不是问题。只需将 R 配置为使用不同的库路径。
为此，请设置 R_LIBS_USER环境变量。要在 shell session 中保留它，请设置 ~/.profile 中的值。或类似。

export R_LIBS_USER=/path/to/your/r-library

有一个 detailed description of this solution in another answer .
另一种解决方案是分别为每个用户安装软件。这在非共享系统上尤其有意义。大多数包管理器支持为本地用户安装软件，无需 super 用户权限。特别是， Homebrew默认情况下这样做，并强烈建议不要使用 sudo安装软件。