memory - 如何在 slurm 工作期间监控资源？

Question

我在我们的大学集群上运行作业(普通用户，没有管理员权限)，它使用 SLURM 调度系统，我有兴趣绘制 CPU 和内存使用情况随时间的变化，即在作业运行时。我知道 sacct和 sstat我想在我的提交脚本中包含这些命令，例如类似的东西

#!/bin/bash
#SBATCH <options>

# Running the actual job in background
srun my_program input.in output.out &

# While loop that records resources
JobStatus="$(sacct -j $SLURM_JOB_ID | awk 'FNR == 3 {print $6}')"
FIRST=0
#sleep time in seconds
STIME=15
while [ "$JobStatus" != "COMPLETED" ]; do
    #update job status
    JobStatus="$(sacct -j $SLURM_JOB_ID | awk 'FNR == 3 {print $6}')"
    if [ "$JobStatus" == "RUNNING" ]; then
        if [ $FIRST -eq 0 ]; then
            sstat --format=AveCPU,AveRSS,MaxRSS -P -j ${SLURM_JOB_ID} >> usage.txt
            FIRST=1
        else
            sstat --format=AveCPU,AveRSS,MaxRSS -P --noheader -j ${SLURM_JOB_ID} >> usage.txt
        fi
        sleep $STIME
    elif [ "$JobStatus" == "PENDING" ]; then
        sleep $STIME
    else
        sacct -j ${SLURM_JOB_ID} --format=AllocCPUS,ReqMem,MaxRSS,AveRSS,AveDiskRead,AveDiskWrite,ReqCPUS,AllocCPUs,NTasks,Elapsed,State >> usage.txt
        JobStatus="COMPLETED"
        break
    fi
done

但是，我并不真正相信这个解决方案:

sstat不幸的是没有显示有多少 CPU 被使用
时刻(仅平均值)

如果我尝试记录一段时间内的内存使用情况，MaxRSS 也没有帮助

似乎仍然存在一些错误(作业完成后脚本不会停止)

有谁知道如何正确地做到这一点？甚至还有 top或 htop而不是 sstat ?任何帮助深表感谢。

Answer 1

Slurm 提供了一个插件来将作业的配置文件(PCU 使用情况、内存使用情况，甚至某些技术的磁盘/网络 IO)记录到 HDF5 文件中。该文件包含跟踪的每个度量的时间序列，您可以选择时间分辨率。
你可以用

#SBATCH --profile=<all|none|[energy[,|task[,|filesystem[,|network]]]]>

查看文档 here .
要检查此插件是否已安装，请运行

scontrol show config | grep AcctGatherProfileType

它应该输出 AcctGatherProfileType = acct_gather_profile/hdf5 .
这些文件是在 ProfileHDF5Dir 中引用的文件夹中创建的。 Slurm 配置参数(在 slurm.conf 中)
至于你的脚本，你可以尝试替换 sstat使用到计算节点的 SSH 连接来运行 ps .假设 pdsh或 clush已安装，您可以运行以下内容:

pdsh -j $SLURM_JOB_ID ps -u $USER -o pid,state,cputime,%cpu,rssize,command --columns 100 >> usage.txt

这将为您提供每个进程的 CPU 和内存使用情况。
最后一点，您的工作永远不会终止，因为它会在 while 时终止。循环终止， while当作业终止时，循环将终止...条件 "$JobStatus" == "COMPLETED" 永远不会从脚本中观察到。当作业完成时，脚本被终止。