r - 改进 R 中网络图的布局和分辨率

Question

好的，所以我用 R 绘制了一个图。我也放大了它。显然，我无法保存缩放版本(但是，它似乎也没有多大帮助)。我附上原始图片的链接。我想要的是，如果我通过外部软件放大图像，我不会丢失信息或像素。此外，在使用 R 提供的内置缩放后，我无法看到节点，因为它们被许多其他节点重叠。有什么办法可以提高图片质量或至少我可以看到所有节点？

这是链接:

https://www.dropbox.com/s/m4rdf7ux8yeogb4/Rplot.pdf

我制作情节的文件就像，

   "X1" "X2"
"1" 10 123
"2" 4 186
"3" 12 1959
"4" 61 882
"5" 96 431
"6" 14 1617
"7" 37 1536
"8" 17 292
"9" 17 768
"10" 17 2049
"11" 39 1437
"12" 5 25
"13" 36 592
"14" 32 855
"15" 10 1288
"16" 28 269
"17" 25 122 
"18" 142 147
"19" 792 1369
"20" 21 801
"21" 837 1004
"22" 1004 1924
"23" 515 1004
.............
"175" 356 2303
"176" 83 326

我用来制作绘图的代码如下:

 library(igraph)
 gg7 <- graph.edgelist(cbind(as.character(wt$X1), as.character(wt$X2)), 
                 directed=F)
 sum(clusters(gg7)$csize>2)         
 plot(gg7)

这里，文件名是“wt”。

Answer 1

您可以使用绘图和布局选项(参见 igraph.plotting 帮助页面上的 plot.igraph 链接以及 layout 的帮助)来减少重叠并提高可读性。此外，将绘图保存为 PDF 文件将允许您随意放大。下面是两个带有假数据的示例布局。我只调整了布局和顶点大小，但还有许多其他选项。

library(igraph)

set.seed(20)
wt2 = data.frame(X1=sample(1:100,200,replace=TRUE), X2=sample(1:100,200,replace=TRUE))
gg7 <- graph.edgelist(cbind(as.character(wt2$X1), as.character(wt2$X2)), 
                      directed=F)       

pdf("plot.pdf",10,10)
igraph.options(plot.layout=layout.circle, vertex.size=5)
plot(gg7)
dev.off()

pdf("plot2.pdf",10,10)
igraph.options(plot.layout=layout.graphopt, vertex.size=7)
plot(gg7)
dev.off()