R/ImageJ : Measuring shortest distance between points and curves

Question

我有一些使用 R 作为统计平台的经验，但在基于图像的数学方面缺乏经验。我有一系列带有孔洞和不规则曲线的照片(tiff 格式，px/µm 已知)。我想测量一个洞和那个特定洞的最近曲线之间的最短距离。我想对照片中的每个洞都这样做。孔也不规则，所以也许我需要告诉程序什么是孔，什么是曲线(ImageJ 有一个点和线段函数)。

任何想法如何做到这一点？我应该在 R 中使用哪个包？您会为此类任务推荐另一个程序吗？

Answer 1

编辑:现在可以使用 sclero 包执行此操作。该软件包目前可在 GitHub 上获得程序在the tutorial中有详细描述。 .只是为了说明，我使用教程中的示例:

library(devtools)
install_github("MikkoVihtakari/sclero", dependencies = TRUE)
library(sclero)
path <- file.path(system.file("extdata", package = "sclero"), "shellspots.zip")
dat <- read.ijdata(path, scale = 0.7812, unit = "um") 
shell <- convert.ijdata(dat)
aligned <- spot.dist(shell)
plot(aligned)

也可以使用 sclero 包提供的功能添加样本点大小。请参阅教程中的第 2.5 节。