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我在这里的第一篇文章,所以我会尽量保持简单。我正在尝试使用 Processing 创建一些质谱数据的图。我想写一个草图,将伪 XML 中的数据解析为表格,然后将这些数据绘制为 2 个轴(时间,mz)上的点,第三个轴,信号,作为点的颜色。
在这个阶段,我希望情节是数据的维度。在我的测试数据中,x 轴上有 38 个时间点,Y 上有 51 mz 点,信号范围从 0 到 12,000。真实数据集的边界在每个维度上都会大一百倍。
我的问题是绘图的宽度和高度取决于数据,而建立这些限制涉及一些代码。在处理中,您只能在 void setup() 之后立即调用 size(),因此我将所有计算代码放在首位。这引发了标题错误。我无法解决它,所以我将数据输出到三个 csv 文件,并开始在第二个草图中导入该数据并绘制它。我遇到了同样的错误。
确切的错误是期待 EOF, found '', where 可以是一行的第一个单词。它一直用于 mzTable 和 if,具体取决于我尝试过的代码。
这是完整的第二个草图:
import java.io.*;
int debug = 1;
String target = "M1A crop.txt"; // test data
File file = new File(target);
// ~ ~ ~
String folderPath = file.getParent(); // target folder path
String name = file.getName();
String mzData = folderPath + "\\" + name + " - mz data.csv" ; // CSV file to open
String signalData = folderPath + "\\" + name + " - signal data.csv" ; // CSV file to open
String summaryData = folderPath + "\\" + name + " - summary data.csv" ; // CSV file to open
Table mzTable = new Table();
Table signalTable = new Table();
Table summaryTable = new Table();
mzTable = loadTable(mzData, "header");
signalTable = loadTable(signalData, "header");
summaryTable = loadTable(summaryData, "header");
int timeMin = summaryTable.getInt(0, "timeMin");
int timeMax = summaryTable.getInt(0, "timeMax");
int mzMin = summaryTable.getInt(0, "mzMin");
int mzMax = summaryTable.getInt(0, "mzMax");
int signalMin = summaryTable.getInt(0, "signalMin");
int signalMax = summaryTable.getInt(0, "signalMax");
width = mzTable.getColumnCount(); // this is the number of time points on the X axis
height = mzMax - mzMin; // this is the number of mz points on the Y axis
println("time Min: " + timeMin + ", Max: " + timeMax);
println("mz Min: " + mzMin + ", Max: " + mzMax);
println("signal Min: " + signalMin + ", Max: " + signalMax);
void setup() {
size(width, height);
} // end of void setup()
void draw() {
for(int x = 0; x < height; x++) {
for(int y = 0; y < width; y++) {
stroke(map(signalTable.getInt(x, y), signalMin, signalMax, 0, 255));
point(x, y);
}
}
}
mzTable = loadTable(mzData, "header");
最佳答案
您应该在草图顶部的唯一内容是 声明 .你不能有随机代码,比如重新分配和调用 println()
功能在那里。像这样的代码需要在函数内部。
例如,这一行很好,因为它是一个声明:
Table mzTable = new Table();
但这行是行不通的,因为它不是声明:
mzTable = loadTable(mzData, "header");
要修复该错误,您可以将它们合并为一个声明行:
Table mzTable = loadTable(mzData, "header");
同样,您不能在函数之外进行这样的调用,因为它不是声明:
println("time Min: " + timeMin + ", Max: " + timeMax);
摆脱那些
println()
函数,或者将它们移动到 setup() 函数中。
width = mzTable.getColumnCount(); // this is the number of time points on the X axis
height = mzMax - mzMin; // this is the number of mz points on the Y axis
这些不是声明,因此它们必须在函数内。也许尝试这样的事情:
void setup() {
width = mzTable.getColumnCount(); // this is the number of time points on the X axis
height = mzMax - mzMin; // this is the number of mz points on the Y axis
size(width, height);
}
虽然,使用像这样的宽度和高度变量似乎是一个坏主意,所以你可以这样做:
void setup() {
size(mzTable.getColumnCount(), mzMax - mzMin);
}
然后处理将为您设置宽度和高度变量。
关于compiler-errors - 期待 EOF,找到 '<something>',我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/29984187/
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我是一名优秀的程序员,十分优秀!