使用 boost::iostreams::gzip_decompress 时，rcpp 代码无法使用 boost 库加载(如在 BH 中实现)

Question

我希望从 .bz 文件中读取数据。我正在尝试使用 rcpp 加上使用 BH 库的 boost 来做到这一点。我在 MacOSX 10.10.3、Rcpp 版本 0.11.6 和 BH 1.58.0-1 上运行 R 3.2.0。

到目前为止，这是我的代码:

// [[Rcpp::depends(BH)]]

#include <Rcpp.h>
#include <iostream>
#include <fstream>
#include <boost/iostreams/device/file.hpp>
#include <boost/iostreams/filtering_stream.hpp>
#include <boost/iostreams/filter/gzip.hpp>
#include <boost/math/common_factor.hpp>

using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
int read_file_cpp(std::string path) {
  std::ifstream file(path.c_str(), std::ios_base::in | std::ios_base::binary);
  boost::iostreams::filtering_istream in;
  in.push(boost::iostreams::gzip_decompressor());
  in.push(file);
  for(std::string str; std::getline(in, str); )
  {
    std::cout << "Processed line " << str << '\n';
  }
  file.close();
  return(0);
}

当我尝试通过以下方式加载代码时:

Rcpp::sourceCpp(file = "src/boost_test.cpp")

我收到以下错误:

Error in dyn.load("/var/folders/sv/rhmpnyt91kdb10d1hnz_zd1c0000gn/T//RtmpZiCsVD/sourcecpp_40e63686ad7f/sourceCpp_9777.so") : unable to load shared object '/var/folders/sv/rhmpnyt91kdb10d1hnz_zd1c0000gn/T//RtmpZiCsVD/sourcecpp_40e63686ad7f/sourceCpp_9777.so': dlopen(/var/folders/sv/rhmpnyt91kdb10d1hnz_zd1c0000gn/T//RtmpZiCsVD/sourcecpp_40e63686ad7f/sourceCpp_9777.so, 6): Symbol not found: __ZN5boost9iostreams6detail11gzip_footer5resetEv Referenced from: /var/folders/sv/rhmpnyt91kdb10d1hnz_zd1c0000gn/T//RtmpZiCsVD/sourcecpp_40e63686ad7f/sourceCpp_9777.so Expected in: flat namespace in /var/folders/sv/rhmpnyt91kdb10d1hnz_zd1c0000gn/T//RtmpZiCsVD/sourcecpp_40e63686ad7f/sourceCpp_9777.so

通过一些故障排除，有问题的线路似乎是:

in.push(boost::iostreams::gzip_decompressor());

更具体地说， gzip_decompressor()似乎是根本原因。如果我尝试 gzip_compressor()相反，程序运行良好(除了我在屏幕上看到二进制乱码)。

查看BH代码，我确认 gzip_decompressor代码是它应该在的地方。

感谢您的任何帮助。

更新

按照 Dirk 和 nrussell 的建议，这就是我解决问题的方法。

从 here 下载 boost .

阅读说明 here .

解压，运行如下:

./bootstrap.sh --help

阅读说明，并决定我只需要编译 IOstreams。因此，运行以下命令:

./bootstrap.sh --with-libraries=iostreams
./b2

找出编译器查找库的路径。我确信有一种更聪明的方法，但我从 R 提示符运行了以下命令:

Rcpp::sourceCpp('src/boost_test.cpp', verbose = T, rebuild = T)

从随后的文本中，注意到“/usr/local/lib”在路径中。因此，在命令提示符下，我在正确的路径中创建了一个指向库的链接:

ln -s /Users/andersgs/Downloads/boost_1_58_0/stage/lib/libboost_iostreams.dylib /usr/local/lib/

这显然需要稍后更正，因为它不会留在我的下载文件夹中。

然后，按照 Dirk 的指示和 nrussell 的建议进行操作。所以，回到 R:

Sys.setenv("PKG_LIBS"="-lboost_iostreams")
Rcpp::sourceCpp('src/boost_test.cpp', verbose = T, rebuild = T)

成功!!!正确编译。也有效。

谢谢你们俩。

安德斯。

Answer 1

您确定这可以“仅限标题”吗？

如果没有，您需要确保提供正确的链接参数——参见 Rcpp Gallery example on Boost regex有一个有效的例子。