python - 在 Python 中， `pip -r requirements.txt` 不*递归*安装包？

Question

我正在使用 Python 3.5.1 和 pip 7.1.2:

pip3 --version
pip 7.1.2 from /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5/lib/python3.5/site-packages (python 3.5)

在我的 requirements.txt 中，我写道:

pysam>=0.9.0

然后我使用 pip3像这样安装这个requirements.txt文件:

pip3 install -U -r requirements.txt

此 pysam有自己的依赖项: cython ，可以在以下位置看到: https://github.com/pysam-developers/pysam/blob/master/requirements.txt

但是，使用 pip3 install -U -r requirements.txt好像没有安装 pysam的依赖递归，它会抛出一个期望 ValueError: no cython installed .

有没有人知道为什么 requirements.txt不是递归安装的吗？

Answer 1

比萨姆setup.py脚本似乎使用 requires而不是典型的 install_requires ;后者生成 pip 需要找出其需求的元数据。事实上，pysam 似乎需要 cython 来构建自己，所以更合适的是，它应该使用 setup_requires .如果您没有安装 cython，您可以检查安装 pysam 是否以正常方式失败。

(编辑:不起作用)
在任何情况下，您都可以通过将 cython 放在需求文件中的 pysam 之前来解决这个问题；这样，pip 会在 cython 移动到 pysam 之前尝试安装它:

cython>=0.22
pysam>=0.9.0

编辑 : 需要说明的是，这与 pip -r requirements.txt 无关本身。正是 pip 没有从 pysam 接收到足够的元数据，才知道在尝试安装 pysam 之前需要先安装 cython。

第二次编辑:你是对的。安装仍然失败，因为 pip 在进入构建阶段之前尝试从 pysam 安装脚本获取元数据，如果未安装 cython，pysam 安装脚本会抛出该错误。在这种特定情况下，我不确定除了事先在单独的命令中安装 Cython 之外还有其他解决方案。