r - 取行意味着基于列的分区

Question

我有一个矩阵 mat 并想根据分组变量 gp 计算列的平均值。

mat<-embed(1:5000,1461)
gp<-c(rep(1:365,each=4),366)

为此，我使用以下内容

colavg<-t(aggregate(t(mat),list(gp),mean))

但这比我预期的要长得多。

有什么让代码运行得更快的建议吗？

Answer 1

这是一个快速算法，我在代码中注释了。

system.time({

# create a list of column indices per group
gp.list    <- split(seq_len(ncol(mat)), gp)

# for each group, compute the row means
means.list <- lapply(gp.list, function(cols)rowMeans(mat[,cols, drop = FALSE]))

# paste everything together
colavg     <- do.call(cbind, means.list)

})
#    user  system elapsed 
#    0.08    0.00    0.08