conda - Snakemake:我不断收到 'conda' 命令在 $PATH 中不可用。在 SGE 集群上运行时

Question

我在这里扯头发，希望有人可以帮助我。

运行snakemake 4.8.0

我有一个蛇形管道，我使用两个 conda envs 和 --use-conda 运行它，当作为独立管道运行时它工作正常。

然而，当我在我们的集群上运行时，我得到了错误:

“'conda' 命令在 $PATH 中不可用。”

现在。 Anaconda 安装在我们的集群上，但我们需要在节点上激活它:

module load anaconda

另外，模块被定义为一个函数，所以我首先有一些东西。因此，在我的蛇文件的顶部，我有:

shell.prefix("source $HOME/.bashrc; source /etc/profile; module load anaconda; )

这并不能解决问题。

我什至把 module load anaconda在我的 .bashrc ，这仍然行不通。仅在集群执行时，我才收到有关未找到 conda 的错误。

我的 .bashrc 的其他更改被snakemake捡起并被捡起，所以我不知道为什么它会出现conda问题。

我什至创建了一个 conda 环境，将 snakemake 和 conda 加载到该环境中，在提交脚本和 Snakefile 中激活环境:

shell.prefix("source $HOME/.bashrc; source /etc/profile; module load anaconda; source activate MAGpy-3.5; ")

它仍然显示“$PATH 中没有‘conda’命令。”

从字面上撕掉我的头发。

顺便说一句，我使用 qsub -S /bin/bash 提交并使用 shell.executable("/bin/bash")但是在 .snakemake 中创建的临时 shell 脚本由 /bin/sh 运营- 这是预期的吗？

请帮我!

Answer 1

我总是必须使用:
set +u; {params.env}; set -u
({params.env} 正在从我的 config.yaml 加载 conda 命令)

在 shell 中调用 conda 环境时Snakefile 的命令，因为 Snakemake 会自动在 shell 命令前添加 set +u .

不确定这是否能解决您的问题，但值得一试吗？